Die höhere Klassifikation der Klasse der Säugetiere (Mammalia) basiert auf der Berücksichtigung einer breiten Palette von Merkmalen. Traditionell waren Erkenntnisse aus der vergleichenden Anatomie von vorherrschender Bedeutung, aber in jüngerer Zeit haben sich Informationen aus Disziplinen wie Physiologie, Serologie (die Untersuchung von Immunreaktionen in Körperflüssigkeiten) und Genetik bei der Betrachtung von Beziehungen als nützlich erwiesen. Das vergleichende Studium der lebenden Organismen wird durch die Erkenntnisse der Paläontologie ergänzt. Das Studium der fossilen Aufzeichnungen fügt dem Wissen über die Verwandtschaft der Säugetiere eine historische Dimension hinzu. In einigen Fällen – zum Beispiel bei den Pferden – ist der Fossilnachweis ausreichend, um die Abstammungslinien bis ins Detail zu verfolgen.
Im Vergleich zu anderen großen Wirbeltiergruppen ist die Fossilüberlieferung der Säugetiere gut. Die Fossilisation hängt von einer Vielzahl von Faktoren ab, von denen die wichtigsten die Struktur des Organismus, sein Lebensraum und die Bedingungen zum Zeitpunkt des Todes sind. Die häufigsten Überreste von Säugetieren sind Zähne und die dazugehörigen Kiefer- und Schädelknochen. Der Zahnschmelz, der den typischen Säugetierzahn bedeckt, besteht aus prismatischen Stäbchen aus kristallinem Apatit und ist das härteste Gewebe im Körper der Säugetiere. Er ist sehr widerstandsfähig gegen chemische und physikalische Verwitterung. Aufgrund der Fülle von Zähnen in den Ablagerungen fossiler Säugetiere wurden Zahnmerkmale bei der Interpretation der Phylogenie und Verwandtschaft von Säugetieren hervorgehoben. Zahnmerkmale eignen sich besonders gut für diese wichtige Rolle bei der Klassifizierung, da sie die breite Radiation der Ernährungsspezialisierung der Säugetiere von der primitiven räuberischen Lebensweise widerspiegeln.
J. Knox Jones David M. Armstrong Don E. Wilson
Diese Klassifizierung ist modifiziert von der von Malcolm C. McKenna und Susan K. Bell (1997) zur Klassifizierung höherer Kategorien von Säugetieren mit wesentlichen Beiträgen von Don E. Wilson und DeeAnn M. Reeder (2005); ausgestorbene Gruppen sind nicht aufgeführt.
- Klasse Mammalia (Säugetiere) Etwa 5.500 Arten in 29 Ordnungen.
- Unterklasse Prototheria (Kloakentiere, eierlegende Säugetiere) Hier werden 5 Arten in 2 Ordnungen eingeteilt, aber die Kloakentiere werden traditionell in einer einzigen Ordnung, Monotremata, zusammengefasst.
- Ordnung Tachyglossa (Echidnas) 4 Arten in 1 Familie.
- Ordnung Platypoda (Schnabeltiere) 1 Art.
- Unterklasse Theria (Lebendgebärende Säugetiere)
- Metatheria (Beuteltiere) Mehr als 330 Arten in 7 Ordnungen.
- Ordnung Diprotodontia (Kängurus, Koalas, Wombats, Opossums und Konsorten) Mehr als 140 Arten in 11 Familien.
- Ordnung Dasyuromorphia (fleischfressende Beuteltiere) Etwa 70 Arten in 3 Familien, ohne den ausgestorbenen Thylacine (Tasmanischer Wolf), einziges Mitglied der Familie Thylacinidae.
- Ordnung Peramelemorphia (Bandicoots und Bilbies) Ungefähr 21 Arten in 3 Familien.
- Ordnung Notoryctemorphia (Beuteltiere und Maulwürfe) 2 Arten in 1 Familie.
- Ordnung Microbiotheria (Monito del monte) 1 Art (Dromiciops gliroides).
- Ordnung Didelphimorphia (Opossums) Etwa 90 Arten in 1 Familie.
- Ordnung Paucituberculata (Spitzmaus- oder Rattenopossums) 6 Arten in 1 Familie.
- Eutheria (plazentare Säugetiere) Mehr als 5.000 Arten in 20 Ordnungen.
- Ordnung Rodentia (Nagetiere) Nahezu 2.300 Arten in 30 Familien.
- Ordnung Chiroptera (Fledermäuse) Mehr als 1.100 Arten in 18 Familien.
- Ordnung Soricomorpha (Spitzmäuse, Maulwürfe und Verwandte) Etwa 430 Arten in 4 Familien. Maulwürfe (Familie Talpidae) werden manchmal mit Igeln in Erinaceomorpha eingeordnet.
- Ordnung Afrosoricida (Goldmaulwürfe und Tenrecs) Ungefähr 50 Arten in 2 Familien.
- Ordnung Erinaceomorpha (Igel) 24 Arten in 1 Familie.
- Ordnung Primaten (Menschen, Affen, Lemuren und Verwandte) Ungefähr 375 Arten in 15 Familien. Colugos werden manchmal als eigene Ordnung, Dermoptera, klassifiziert.
- Großordnung Ungulata (Huftiere) Ungefähr 350 Arten in 7 Ordnungen.
- Ordnung Artiodactyla (Paarhufer) Etwa 240 Arten in 10 Familien, darunter Giraffen, Kamele, Hirsche, Rinder, Schweine, Schafe, Ziegen und Sippe.
- Ordnung Cetacea (Wale, Delfine und Schweinswale) Mehr als 80 Arten in 11 Familien.
- Ordnung Perissodactyla (Unpaarhufer) 17 Arten in 3 Familien, darunter Pferde, Nashörner, Tapire und Verwandte.
- Uranotheria Die folgenden drei Huftierordnungen (Sirenia, Proboscidea und Hyracoidea) werden manchmal als Ordnung Uranotheria zusammengefasst, da sie enger miteinander verwandt sind als mit anderen Huftieren.
- Ordnung Hyracoidea (Hyraxen) 4 Arten in 1 Familie.
- Ordnung Sirenia (Seekühe und Dugongs) 5 Arten in 2 Familien.
- Ordnung Proboscidea (Elefanten) 3 Arten in 1 Familie.
- Ordnung Tubulidentata (Erdferkel) 1 Art (Orycteropus afer).
- Ordnung Carnivora (Fleischfresser) Knapp 290 Arten in 15 Familien.
- Ordnung Lagomorpha (Pikas und Kaninchen) 92 Arten in 3 Familien.
- Ordnung Xenarthra (Zahntiere, oder Xenarthrane) 31 Arten in 2 Ordnungen.
- Ordnung Cingulata (Gürteltiere) 20 Arten in 1 Familie.
- Ordnung Pilosa (Ameisenbären und Faultiere) 10 Arten in 4 Familien.
- Ordnung Scandentia (Baumspitzmäuse) 20 Arten in 2 Familien.
- Ordnung Macroscelidea (Elefantenspitzmäuse) 15 Arten in 1 Familie.
- Ordnung Pholidota (Schuppentiere) 8 Arten in 1 Familie.
- Metatheria (Beuteltiere) Mehr als 330 Arten in 7 Ordnungen.
- Unterklasse Prototheria (Kloakentiere, eierlegende Säugetiere) Hier werden 5 Arten in 2 Ordnungen eingeteilt, aber die Kloakentiere werden traditionell in einer einzigen Ordnung, Monotremata, zusammengefasst.