Die Saltdogs wurden gegründet, als die Madison Black Wolf nach der Saison 2000 verkauft und nach Lincoln verlegt wurden. Das Team war von 2001 bis 2005 Mitglied in der Northern League. Nach der Saison 2005 verließen die Saltdogs (zusammen mit den St. Paul Saints, Sioux City Explorers und Sioux Falls Canaries) die Northern League, um die American Association zu gründen.
Die Saltdogs holten 2009 ihren ersten Ligatitel und gewannen die Meisterschaft der American Association. Ihre Gesamtbilanz in der regulären Saison war 49-47, aber Lincoln holte mit 27-21 den Titel in der zweiten Hälfte der North Division und erreichte die Meisterschaft, indem sie den Meister der ersten Hälfte der North Division, die Wichita Wingnuts, in der Division-Serie mit drei zu zwei Spielen besiegten. Die Saltdogs holten sich den Titel, indem sie den Meister der South Division, die Pensacola Pelicans, mit drei zu zwei Spielen besiegten, wobei das fünfte Spiel im Pelican Park in Pensacola mit 2:1 entschieden wurde.
Lincoln feierte 2010 sein 10-jähriges Bestehen, und das Team sicherte sich in den vergangenen fünf Spielzeiten den vierten Platz in den Playoffs. Die Saltdogs schlossen die Saison mit einem Gesamtergebnis von 51:45 ab. Es war das siebte Mal in zehn Jahren, dass Lincoln die 50-Sieg-Marke erreichte, und das neunte Mal in zehn Jahren, dass das Team über der .500-Marke abschloss. Obwohl die Saltdogs 2010 keinen Divisionstitel gewannen, war ihre Gesamtbilanz immer noch gut genug, um sich über einen Wildcard-Platz für die Postseason zu qualifizieren. Lincoln hat sich in seiner Geschichte bereits viermal für die Playoffs qualifiziert, die ersten drei (2001, 2002 und 2005) in der Northern League.
Die Saltdogs erreichten die Playoffs in jedem ihrer ersten beiden Jahre in der American Association. Sowohl 2006 als auch 2007 schlossen sie die reguläre Saison mit der besten Gesamtbilanz der Liga ab und gewannen drei der vier Titel in der North Division (2006 sowohl den Titel in der ersten als auch in der zweiten Halbzeit und 2007 den Titel in der ersten Halbzeit). Ihre 14 Spiele lange Siegesserie im Jahr 2007 ist die längste in der Geschichte des Teams. Die Saltdogs hatten die beste Gesamtbilanz (272-204) aller Teams in den ersten fünf Jahren der American Association.
Kash Beauchamp war der erste Manager in der Geschichte der Saltdogs, obwohl seine Amtszeit nur 42 Spiele in der Saison 2001 dauerte, in der das Team 21-21 (.500) erreichte. Pitcher Les Lancaster ersetzte Beauchamp und führte Lincoln sowohl 2001 als auch 2002 in die Playoffs. Lancaster fungierte in den ersten zehn Tagen seiner Amtszeit als Spielermanager, bevor er ausschließlich auf der Bank Platz nahm. Er führte das Team in der regulären Saison zu einer Bilanz von 86-53 (.619) und in der Postseason zu einer Bilanz von 6-7. Nach der Saison 2002 verließ Lancaster das Team und wurde durch den ehemaligen Toronto Blue Jays Manager Tim Johnson ersetzt. Johnson verbrachte sechs Spielzeiten mit den Saltdogs und erzielte eine Bilanz von 314-252 (.555) in der regulären Saison und eine Bilanz von 2-9 in der Postseason. Lincoln erreichte unter Johnson dreimal die Playoffs (2005, 2006 und 2007) und gewann drei Divisionsmeisterschaften (American Association 2006 Titel in der ersten und zweiten Hälfte der North Division, 2007 Titel in der ersten Hälfte der North Division). Johnson trat am Ende der Saison 2008 als Manager zurück und wurde durch Marty Scott ersetzt, der während der Saison 2008 die Triple-A New Orleans Zephyrs gemanagt hatte. Scott gewann zwischen 1995 und 2000 zwei Meisterschaften als Manager der St. Paul Saints und führte Lincoln zur Meisterschaft 2009, seiner insgesamt vierten als Manager. In den zwei Spielzeiten in Lincoln erzielte Scott eine Bilanz von 100-92 (.521) in der regulären Saison und eine Bilanz von 6-7 in der Postseason.
Im Jahr 2020 gab die Liga bekannt, dass die Saltdogs nicht als eines von sechs Teams ausgewählt wurden, die aufgrund der COVID-19-Pandemie an einer verkürzten Saison teilnehmen. Sie werden für die Saison pausieren, mit Plänen für eine Rückkehr im Jahr 2021.
