Elk van deze drie domeinen bevat uniek rRNA. Dit vormt de basis van het drie-domeinen-systeem. Terwijl de aanwezigheid van een kernmembraan de Eukarya onderscheidt van de Archaea en de Bacteria, die beide geen kernmembraan hebben, onderscheiden de Archaea en de Bacteria zich door verschillende biochemische en RNA-markers.
ArchaeaEdit
Archaea zijn prokaryota-cellen, die typisch worden gekenmerkt door membraanlipiden die bestaan uit vertakte koolwaterstofketens die door etherbindingen aan glycerol zijn gebonden. De aanwezigheid van deze etherketens in archaea draagt bij tot hun vermogen om extreme temperaturen en zeer zure omstandigheden te weerstaan, maar veel archaea leven in een milde omgeving. Halofielen, organismen die gedijen in zeer zoute omgevingen, en hyperthermofielen, organismen die gedijen in extreem hete omgevingen, zijn voorbeelden van Archaea.
Archaea evolueerden in vele celgroottes, maar zijn alle relatief klein. Hun grootte varieert van 0,1 μm tot 15 μm diameter en tot 200 μm lang. Zij hebben ongeveer de grootte van bacteriën, of zijn qua grootte vergelijkbaar met de mitochondriën die in eukaryote cellen worden aangetroffen. Leden van het geslacht Thermoplasma zijn de kleinste van de Archaea.
BacteriaEdit
Ondanks dat bacteriën net als Archaea prokaryote cellen zijn, bestaan hun membranen uit fosfolipide bilagen. Cyanobacteriën en mycoplasma’s zijn twee voorbeelden van bacteriën. Kenmerkend is dat zij geen etherverbindingen hebben zoals Archaea, en zij worden in een andere categorie – en dus een ander domein – ingedeeld. Er bestaat een grote diversiteit in dit domein. In de war gebracht door die diversiteit en horizontale genoverdracht, is het bijna onmogelijk om te bepalen hoeveel soorten bacteriën er op de planeet bestaan, of om ze in een boomstructuur te ordenen, zonder dwarsverbindingen tussen de takken.
EukaryaEdit
Leden van het domein Eukarya, de zogenaamde eukaryoten, hebben membraangebonden organellen (waaronder een kern die genetisch materiaal bevat) en worden vertegenwoordigd door vijf koninkrijken: Plantae, Protista, Animalia, Chromista, en Fungi.