Każda z tych trzech domen zawiera unikalny rRNA. Stanowi to podstawę systemu trójdomenowego. Podczas gdy obecność błony jądrowej odróżnia Eukarya od Archaea i Bacteria, z których obie pozbawione są błony jądrowej, odrębne markery biochemiczne i RNA odróżniają Archaea i Bacteria od siebie.
ArchaeaEdit
Archaea to komórki prokariota, charakteryzujące się zwykle lipidami błonowymi, które są rozgałęzionymi łańcuchami węglowodorowymi, przyłączonymi do glicerolu przez wiązania eterowe. Obecność tych wiązań eterowych w Archaea dodaje do ich zdolności do wytrzymywania ekstremalnych temperatur i wysoce kwaśnych warunków, ale wiele Archaea żyć w łagodnych środowiskach. Halofile, organizmy, które rozwijają się w bardzo słonych środowiskach, i hipertermofile, organizmy, które rozwijają się w bardzo gorących środowiskach, są przykładami Archaea.
Archaea wyewoluowały wiele rozmiarów komórek, ale wszystkie są stosunkowo małe. Ich wielkość waha się od 0,1 μm do 15 μm średnicy i do 200 μm długości. Są one o wielkości bakterii, lub podobny w wielkości do mitochondriów znalezionych w komórkach eukariotycznych. Członkowie rodzaju Thermoplasma są najmniejszymi z Archaea.
BacteriaEdit
Mimo, że bakterie są komórkami prokariotycznymi podobnie jak Archaea, ich błony zbudowane są z dwuwarstw fosfolipidowych. Cyjanobakterie i mykoplazmy są dwoma przykładami bakterii. Charakterystycznie nie mają one wiązań eterowych, jak Archaea, i są zaliczane do innej kategorii – a więc i innej dziedziny. Istnieje ogromna różnorodność w tej dziedzinie. Pogmatwane przez tę różnorodność i horyzontalny transfer genów, jest prawie niemożliwe, aby określić, ile gatunków bakterii istnieje na planecie, lub zorganizować je w strukturze drzewa, bez połączeń krzyżowych między gałęziami.
EukaryaEdit
Członkowie dziedziny Eukarya zwani eukariotami – posiadają organelle związane z błoną (w tym jądro zawierające materiał genetyczny) i są reprezentowani przez pięć królestw: Plantae, Protista, Animalia, Chromista i Fungi.