Die Route wurde erstmals 1970 von Ron Strickland konzipiert. Zwischen 1970 und 1976 wurden umfangreiche Feldarbeiten von Strickland und anderen durchgeführt, darunter auch frühe Unterstützer entlang des PNT-Korridors, die ihr umfangreiches Wissen über die lokalen Wegesysteme zur Verfügung stellten. In dieser Zeit wurde der Pacific Northwest Trail aus bereits existierenden Wegen und Straßen des Forest Service zusammengeschustert.
Im Jahr 1977 gründete Strickland die Pacific Northwest Trail Association (PNTA), eine Organisation, die für die Aufklärung und Information, die Instandhaltung und das Eintreten für den PNT verantwortlich ist. Im selben Jahr wurden die ersten fünf erfolgreichen Durchwanderungen des Pacific Northwest Trail abgeschlossen. Zwei dieser Wanderer erschienen später auf der Titelseite des Backpacker Magazins, in einer Ausgabe von 1979, die den Pacific Northwest Trail einem internationalen Publikum vorstellte. Ebenfalls 1979 wurde der erste Kurzführer für den PNT vom Signpost Magazine veröffentlicht, das später zur Washington Trails Association wurde. Der Führer bestand aus zwei Seiten, die die Route beschrieben, und wurde ohne Kartenmaterial geliefert.
Im Jahr 1977 autorisierte der Kongress eine Studie, um die Machbarkeit und Wünschbarkeit des Baus eines Pacific Northwest National Scenic Trail zu bestimmen, der sich zwischen der kontinentalen Wasserscheide im Glacier National Park und dem Strand des Pazifischen Ozeans im Olympic National Park erstreckt, und um ihn zu einer Einheit des National Trails System zu machen~ Die Studie, die 1978 initiiert wurde, wurde gemeinsam vom National Park Service und dem U. S. Forest Service durchgeführt. Es wurden Ideen von verschiedenen Einzelpersonen, Gruppen und Behörden eingeholt, wo die Route am besten verlaufen könnte, da in der Gesetzgebung, die die Studie autorisierte, keine spezifische Route definiert war. Aus den vorgeschlagenen Routenvorschlägen wurden vier Alternativen zur Analyse ausgewählt: (1) die landschaftlich reizvollste Route, (2) die kostengünstigste Route, (3) die Route mit den geringsten Umweltauswirkungen und (4) kein Weg.
Auf der Grundlage einer Bewertung der vier Alternativen kam die Studie zu dem Schluss, dass ein Pacific Northwest Trail die landschaftlichen und freizeitlichen Qualitäten aufweisen würde, die für die Ernennung zum National Scenic Trail erforderlich sind, kam jedoch zu dem Schluss, dass sein Bau weder machbar noch wünschenswert ist und empfahl die Alternative „kein Weg“. Die Studie kam zu dem Schluss, dass der Bau eines Weges nur wenige neue Erholungsmöglichkeiten bieten würde, da im größten Teil des Untersuchungsgebietes bereits ausgedehnte Wegesysteme existieren; dass die Kosten für den Landerwerb und den Bau im Vergleich zu den Vorteilen, die sich daraus ergeben würden, übermäßig hoch wären (zwischen 64 und 106 Millionen Dollar bei einer durchschnittlichen Breite von 1.000 Fuß und zwischen 39 und 60 Millionen Dollar bei einer durchschnittlichen Breite von 500 Fuß); und dass es erhebliche negative Umweltauswirkungen auf den Grizzlybären und auf empfindliche und häufig übernutzte Hochgebirgsgebiete geben würde.
Trotz der Feststellung des Berichts wanderte Ron Strickland 1983 zusammen mit dem ersten Kartographen der PNTA, Ted Hitzroth, die gesamte Länge des PNT. Sie nutzten die auf ihrer Reise gesammelten Informationen, um den ersten vollständigen Reiseführer für den PNT zu entwickeln, der 1984 veröffentlicht wurde.
In den 80er und 90er Jahren gewann der Trail an Popularität. Es bildeten sich regionale Freiwilligengruppen, die der PNTA bei der Instandhaltung und Verbesserung des PNT in ihren Gebieten halfen, darunter SWITMO (Skagit Whatcom Island Trail Maintenance Organization) im Puget Sound-Gebiet und der Yaak Trail Club, der bei der Auswahl und Instandhaltung der Route durch das Yaak Valley im Nordwesten Montanas half.
Im Jahr 2000 erhielt der Pacific Northwest Trail seine erste staatliche Anerkennung, als die Clinton-Regierung den Trail zum Millennium Trail erklärte. Weitere staatliche Anerkennungen folgten in den folgenden Jahren. Im Jahr 2002 wurde das Segment North Cascades National Park / Ross Lake National Recreation Area zum National Recreation Trail ernannt. Der Abschnitt im Olympic National Park erhielt diese Bezeichnung 2003 und der Abschnitt im Glacier National Park 2005.
Im Jahr 2008 brachten der Kongressabgeordnete Norm Dicks und die Senatorin Maria Cantwell ein Gesetz zum Pacific Northwest National Scenic Trail in den Kongress ein. Die überarbeitete Version der Gesetzgebung für die Ausweisung passierte am 11. September 2008 das gesamte Natural Resource Committee des US-Senats, nachdem das Komitee Aussagen von Vertretern der PNTA und der Bundeslandverwaltungsbehörden gehört hatte, die bezeugten, dass die Bedenken, die in der Machbarkeitsstudie geäußert wurden, angemessen berücksichtigt wurden. Die ursprünglichen Kostenschätzungen und Bedenken bezüglich der Umweltauswirkungen basierten hauptsächlich auf dem Bau eines neuen Trails quer durch die drei Bundesstaaten. In der Zeit seit der Durchführung der Machbarkeitsstudie wurde jedoch die Route, die als Pacific Northwest National Scenic Trail ausgewiesen werden sollte, unter Verwendung bereits bestehender Infrastrukturen verbunden, was zu einer großen Kostenreduzierung und einer Minimierung der Umweltauswirkungen führte. Die vom Ausschuss genehmigte Gesetzgebung wurde dann in den Omnibus Public Lands Management Act eingefügt. Der Kongress verabschiedete den Omnibus Public Lands Management Act of 2009 am 25. März desselben Jahres, und der Pacific Northwest Trail wurde mit der Unterschrift von Präsident Obama am 30. März zum Pacific Northwest National Scenic Trail.
Der Public Lands Omnibus Act of 2009 unterstellte den Trail der Verwaltung des Landwirtschaftsministeriums, wobei der United States Forest Service als Trail-Administrator fungierte. Als der Kongress den Pazifik-Nordwest-Trail 2009 auswies, beauftragte er auch den Forest Service, innerhalb von zwei Jahren einen Managementplan zu erstellen. Dieser Managementplan muss die Tragfähigkeit des Trails bestimmen und die öffentliche Aufsicht beinhalten. Ein FACA-Komitee, das bei der Erstellung des Managementplans helfen sollte, wurde erst 2015 gegründet, also bereits 4 Jahre nach dem Datum, an dem er laut Gesetz hätte umgesetzt werden müssen. Die erste Sitzung des FACA-Komitees fand erst im Oktober 2015 statt und tagte 3 Mal, und wurde 2016 auslaufen gelassen. Derzeit sind der Beirat und die interdisziplinären Ausschüsse inaktiv. Somit ist der Forstdienst zu diesem Zeitpunkt acht Jahre von der Einhaltung des Gesetzes entfernt, das vorschreibt, dass ein umfassender Managementplan innerhalb von 2 Jahren nach 2009 hätte implementiert werden müssen.
Im Jahr 2017 feierte die Pacific Northwest Trail Association ihr 40-jähriges Bestehen sowie den 40-jährigen Jahrestag der ersten fünf Durchwanderungen des Trails.