Port Jefferson Harbor, na costa sul de Long Island Sound a leste de Old Field Point, é entrado através de um canal dragado que conduz entre dois molhes que estão em ruínas a uma área de atracagem perto do extremo sudoeste do porto; os molhes são marcados cada um por uma luz. A aproximação é marcada por uma bóia de apito iluminada, a cerca de 1,1 milhas a noroeste da entrada. Três pilhas no lado oeste perto da cabeça do porto são pontos de referência notáveis. Um limite de velocidade de 12 mph é imposto no canal de entrada principal, e um limite de velocidade de 5 mph é imposto na cabeceira do porto nas proximidades das áreas de amarração e cais.
Existem instalações para pequenas embarcações na cabeceira do porto. Uma rampa de lançamento está à cabeceira do porto.
Setauket Harbor tem gasolina, ancoradouros, e há poucos abastecimentos marítimos disponíveis no estaleiro; um reboque de leito plano pode transportar embarcações até 32 pés de comprimento.
A aproximação ao porto de Port Jefferson é clara, tendo o cuidado de evitar o Mount Misery Shoal com profundidades de 7 a 12 pés, cerca de 0,8 milhas a norte-nordeste do cais de luz leste.
Um projecto federal prevê um canal de 26 pés de profundidade desde Long Island Sound até à extremidade sul do porto de Port Jefferson Harbor. O canal é marcado por bóias iluminadas e não iluminadas e um alcance de 146° iluminado. Em 1982, foi noticiado que devido à proximidade das luzes de alcance pode ser difícil determinar quando elas estão em linha. Foi ainda relatado que o alcance pode ser obscurecido por navios amarrados no cais de petróleo no lado oeste do porto.
Fotos com pouca profundidade estão em ambos os lados do canal desde a entrada do porto Jefferson até à bóia sino 5 iluminada no interior da entrada. O solo desde o molhe leste até à bóia sineira iluminada está partido, com os cardumes cobertos de 4 a 11 pés. A bóia sineira iluminada não pode ser vista sobre o quebra-mar na maré baixa por pequenas embarcações que se aproximam do porto.
Port Jefferson Harbor entra por um canal dragado que conduz entre dois molhes que estão em ruínas a uma área de atracagem perto do extremo sudoeste do porto; os molhes são marcados cada um por uma luz. A aproximação é marcada por uma bóia de apito iluminada, a cerca de 1,1 milhas a noroeste da entrada. Duas pilhas no lado oeste perto da cabeça do porto são pontos de referência visíveis.
A 121°-301° medida da milha náutica está a oeste da entrada do porto de Port Jefferson Harbor, na Old Field Beach. As marcações frontais são postes laranja com cerca de 8 pés de altura; as marcações traseiras são rectângulos montados em pernas com cerca de 12 pés de altura, pintadas de vermelho com uma faixa vertical preta de 6 polegadas no meio.
Setauket Harbor, no lado ocidental de Port Jefferson Harbor, tem um canal estreito e tortuoso. Em 1981, uma profundidade relatada de cerca de 2½ pés estava disponível no canal para o estaleiro do Setauket. A entrada de Port Jefferson é marcada por bóias privadas sazonais.