Em 1912, Roy E. Farmer iniciou um pequeno negócio de torrefacção de grãos de café e venda porta a porta em Los Angeles, Califórnia. Após uma década de sucesso, Farmer incorporou em 1923, expandindo simultaneamente o âmbito da empresa para incluir a venda de equipamento de café, marcada pela aquisição da Western Urn Manufacturing. À medida que a empresa crescia, começaram a abrir filiais em toda a Califórnia, estabelecendo rapidamente uma presença notável no desenvolvimento de São Francisco. A partir da década de 1930, os Farmer Brothers diversificaram para incluir a venda e distribuição não só de grãos de café e equipamento, mas também uma selecção mais vasta de artigos de apoio alimentar.
Quando Roy E. Farmer morreu em 1951 com 59 anos de idade, o seu filho, Roy F. Farmer assumiu o controlo da empresa. A transição provou ser difícil para a empresa, pois o Agricultor mais jovem foi forçado a tornar a empresa pública em 1952. Com o estabelecimento de Roy F., ele foi capaz de melhorar consideravelmente a eficiência da produção e aumentar as margens de lucro. Nos anos seguintes do mandato de Roy F. Farmer como presidente, CEO, e presidente, a empresa atingiu um pico de vendas de 240 milhões de dólares em 1998. Nesta altura, a empresa tinha quase 100 sucursais em 29 estados dos EUA ocidentais. Ao mesmo tempo, porém, a empresa ficou atolada em agitação accionista; os accionistas exigiam maior transparência nas operações e estratégia de mercado da empresa, queriam executivos para trabalhar com analistas de Wall Street, e queriam directores independentes acrescentados ao conselho. Apesar disso, a empresa permaneceu bastante privada e fechada ao público. Na altura da morte de Roy F. Farmer, após um período de mais de 50 anos à frente da empresa (tinha 87 anos), um sucessor não tinha sido nomeado.
Nos anos após a morte de Farmer, Guenter Berger foi chefe executivo e Roy E. Farmer deixou a empresa durante algum tempo. Algum tempo mais tarde, Roger M. Laverty III foi nomeado CEO e Presidente e durante o seu tempo como Chefe Executivo, os Farmer Brothers adquiriram a Coffee Bean International e o negócio do café Direct Store Delivery da Sara Lee. A aquisição mais tardia foi por um montante reportado de 45 milhões de dólares. Esteve ao serviço até Abril de 2011. Nessa altura, Jeffrey Wahba (Tesoureiro e CFO) e Patrick Criteser (Presidente e CEO da Coffee Bean International) foram nomeados pelo conselho como co-CEOs numa base provisória.
Em Março de 2012, a empresa nomeou um novo CEO e Presidente, Michael Keown. Keown veio para a empresa da WhiteWave Foods, uma subsidiária da Dean Foods Company. Em 15 de Abril de 2013, a Farmer Bros. nomeou Mark Nelson como o seu novo CFO.
A 28 de Abril de 2015, a Farmer Brothers anunciou que iria mudar a sua sede de Torrance para Northlake, Texas, para poupar cerca de 12 a 15 milhões de dólares anuais. O Presidente e CEO Mike Keown disse “Vamos mudar a sede da nossa empresa para uma instalação de última geração num local central para a nossa base de clientes a nível nacional, e fornecer uma capacidade de produção incremental para apoiar o crescimento futuro”. A nova sede da Northlake está prevista para abrir em 2016 e trará 300 novos empregos, tornando-se o maior empregador da Northlake.
Em 2016, os Farmer Brothers adquiriram a Boyd’s Coffee.