Os Saltdogs foram formados quando os Madison Black Wolf foram vendidos e mudados para Lincoln após a época de 2000. A equipa foi um membro da Liga do Norte de 2001 a 2005. Após a época de 2005, os Saltdogs (juntamente com St. Paul Saints, Sioux City Explorers, e Sioux Falls Falls Canaries) deixaram a Liga do Norte para formar a Associação Americana.
Os Saltdogs reclamaram o seu primeiro título da liga em 2009, ganhando o campeonato da Associação Americana. O seu recorde geral da época regular foi de 49-47, mas Lincoln foi 27-21 para reclamar o título da segunda metade da Divisão Norte e avançou para o campeonato ao derrotar o campeão da primeira metade da Divisão Norte, Wichita Wingnuts, na série da divisão, três jogos a dois. Os Saltdogs reclamaram então o título ao derrotarem o campeão da Divisão Sul Pensacola Pelicans por três a dois jogos, com o quinto jogo decidido por uma pontuação de 2-1 no Pelican Park em Pensacola.
Lincoln celebrou o seu 10º aniversário em 2010, e a equipa garantiu a sua quarta vaga nos playoffs ao longo das cinco épocas anteriores. Os Saltdogs terminaram com um recorde global de 51-45, a sétima vez em dez anos Lincoln atingiu o patamar dos 50 vitórias, e a nona vez em dez épocas que a equipa terminou acima da marca dos 0,500. Embora os Saltdogs não tenham ganho um título de divisão em 2010, o seu recorde global ainda era suficientemente bom para se qualificarem para a pós-temporada através de um wild card berth. Lincoln ganhou quatro lugares nos playoffs de wild card na sua história, com os primeiros três (2001, 2002, e 2005) a chegarem durante os dias da Liga do Norte da equipa.
Os Saltdogs fizeram os playoffs em cada um dos seus dois primeiros anos na Associação Americana. Tanto em 2006 como em 2007, terminaram com o melhor recorde geral da liga da época regular, ganhando três dos quatro títulos da Divisão Norte (tanto o primeiro como o segundo semestre em 2006, e o primeiro semestre em 2007). A sua série de 14 vitórias em 2007 é a mais longa da história da equipa. O Saltdogs teve o melhor recorde geral (272-204) de qualquer equipa nos primeiros cinco anos da Associação Americana.
Kash Beauchamp foi o primeiro gestor na história do Saltdogs, embora o seu mandato tenha durado apenas 42 jogos na época de 2001, durante a qual a equipa foi 21-21 (.500). Pitcher Les Lancaster substituiu Beauchamp, orientando Lincoln para os lugares de playoff tanto em 2001 como em 2002. Lancaster serviu como gestor de jogadores durante os primeiros dez dias do seu mandato de gestão antes de se mudar exclusivamente para o banco. Levou a equipa a um recorde regular de 86-53 (.619) e a um recorde de pós-temporada de 6-7. Após a época de 2002, o Lancaster partiu e foi substituído pelo antigo treinador do Toronto Blue Jays, Tim Johnson. Johnson passou seis épocas com os Saltdogs, compilando um recorde de 314-252 (.555) de época regular e um recorde de 2-9 épocas pós-temporadas. Lincoln chegou aos playoffs três vezes sob o comando de Johnson (2005, 2006 e 2007) e ganhou três campeonatos da divisão (títulos da primeira e segunda metade da Divisão Norte da Associação Americana 2006, título da primeira metade da Divisão Norte 2007). Johnson demitiu-se do cargo de gerente no final da época de 2008, e foi substituído por Marty Scott, que tinha gerido o Triple-A New Orleans Zephyrs durante a época de 2008. Scott venceu dois campeonatos entre 1995 e 2000 como manager do St. Paul Saints e guiou Lincoln ao campeonato de 2009, o seu quarto geral como manager. Durante duas épocas em Lincoln, Scott compilou um recorde de 100-92 (.521) de época regular e um recorde de 6-7 pós-época.
Em 2020, a liga anunciou que os Saltdogs não foram seleccionados como uma das seis equipas a participar numa época condensada em resultado da pandemia de COVID-19. Eles entrarão em hiato para a época, com planos para regressar em 2021.
