Fifteenth in the chain, Mission San Juan Bautista foi fundada pelo Padre Lasuén a 24 de Junho de 1797; o dia da festa de João Baptista, padroeiro da missão.
Just as the mission has been preserved, as well as has the charming city in which it stands. Modelada depois de uma cidade espanhola, cerca de trinta edifícios históricos ocupam a área circundante da missão, oferecendo aos visitantes um olhar sobre como era a vida durante a era da missão. A missão está situada na Plaza San Juan Bautista. O Hotel Plaza, que data de 1814, serviu de quartel da missão. A Casa Zenneta, ou Plaza Hall, remonta a 1868. A Plaza Stable foi construída em 1874 para servir de paragem aos viajantes.
Missão San Juan Bautista está na infeliz posição de estar na Falha de San Andreas. O poderoso terramoto de 1906 arruinou as paredes exteriores da igreja e outros edifícios.
Nunca a missão se encontra numa secção intocada da famosa El Camino Real, ou Auto-estrada dos Reis. Localizada logo a seguir ao muro do cemitério, encontra-se um marcador que mostra a direcção que a estrada tomou, ligando as vinte e uma missões, seiscentas e cinquenta milhas no total, de San Diego a San Rafael.
San Juan Bautista ostenta a única igreja de três ângulos entre todas as missões. Os arcos, que separam o centro dos corredores laterais, foram destruídos no terramoto de 1812. Os padres encheram então os dois corredores laterais. No entanto, a restauração da igreja em 1975 permitiu que os corredores laterais fossem reabertos, devolvendo a igreja ao seu desenho original de três corredores.
Muito da igreja permanece como em 1812, com o altar principal reredos e bultos em grande parte não restaurados. Preste muita atenção aos azulejos do chão da igreja e notará estampas de animais que foram feitas enquanto os azulejos eram deixados lá fora a secar ao sol. A igreja também acolhe a maior e mais completa colecção de pinturas apostoladas da cadeia missionária.