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Os resultados japoneses para tratamento médico de alto nível de saúde física é geralmente competitivo com o dos EUA. Uma comparação de dois relatórios no New England Journal of Medicine de MacDonald et al. (2001) e Sakuramoto et al.(2007) sugerem que os resultados para o cancro gastro-esofágico são melhores no Japão do que nos EUA, tanto em pacientes tratados apenas com cirurgia como em cirurgia seguida de quimioterapia. O Japão destaca-se nas taxas de sobrevivência de cinco anos de cancro do cólon, cancro do pulmão, cancro do pâncreas e cancro do fígado com base na comparação de um relatório da Associação Americana de Oncologia e outro relatório da Fundação Japonesa para a Promoção da Investigação do Cancro. A mesma comparação mostra que os EUA se destacam na sobrevivência de cinco anos de cancro rectal, cancro da mama, cancro da próstata e linfoma maligno. Os resultados cirúrgicos tendem a ser melhores no Japão para a maioria dos cancros, enquanto a sobrevivência global tende a ser mais longa nos EUA devido ao uso mais agressivo da quimioterapia em cancros em fase tardia. Uma comparação dos dados do Sistema de Dados Renais dos Estados Unidos (USRDS) 2009 e da Sociedade de Renologia do Japão 2009 mostra que a mortalidade anual de doentes submetidos a diálise no Japão é de 13% em comparação com 22,4% nos EUA. A sobrevivência de cinco anos de pacientes sob diálise é de 59,9% no Japão e 38% nos EUA.
Num artigo intitulado “Does Japanese Coronary Artery Bypass Grafting Qualify as a Global Leader? Masami Ochi da Escola de Medicina Nippon salienta que as cirurgias de bypass coronário japonesas superam as de outros países em múltiplos critérios. De acordo com a Associação Internacional de Transplante de Coração e Pulmão, a sobrevivência de cinco anos dos receptores de transplante cardíaco em todo o mundo que tiveram os seus transplantes cardíacos entre 1992 e 2009 foi de 71,9% (ISHLT 2011.6) enquanto que a sobrevivência de cinco anos dos receptores japoneses de transplante cardíaco é de 96,2% de acordo com um relatório da Universidade de Osaka. Contudo, apenas 120 transplantes de coração foram realizados internamente até 2011 devido à falta de doadores.
Em contraste com os cuidados de saúde física, a qualidade dos cuidados de saúde mental no Japão é relativamente baixa em comparação com a maioria dos outros países desenvolvidos. Apesar das reformas, os hospitais psiquiátricos do Japão continuam a confiar em grande parte em métodos ultrapassados de controlo de doentes, com as suas taxas de medicação obrigatória, isolamento (isolamento solitário) e restrições físicas (amarrar os doentes às camas) muito superiores às de outros países. No Japão foram encontrados níveis elevados de trombose venosa profunda em doentes imobilizados, o que pode levar à incapacidade e à morte. Em vez de diminuir o uso de restrições como tem sido feito em muitos outros países, a incidência de uso de restrições médicas nos hospitais japoneses duplicou nos quase dez anos desde 2003 (5.109 pacientes com restrições) até 2014 (10.682).
As 47 prefeituras governamentais locais têm alguma responsabilidade na supervisão da qualidade dos cuidados de saúde, mas não existe uma recolha sistemática de dados sobre tratamentos ou resultados. Supervisionam as inspecções hospitalares anuais. O Conselho Japonês para a Qualidade dos Cuidados de Saúde credita cerca de 25% dos hospitais. Um problema com a qualidade dos cuidados médicos japoneses é a falta de transparência quando ocorrem erros médicos. Em 2015, o Japão introduziu uma lei para exigir aos hospitais a realização de revisões de cuidados de saúde a doentes para quaisquer mortes inesperadas, e para fornecer os relatórios aos familiares mais próximos e a uma organização terceira. No entanto, cabe ao hospital decidir se a morte foi inesperada. Nem os doentes nem as famílias dos doentes podem solicitar revisões, o que torna o sistema ineficaz. Entretanto, os prestadores de cuidados de saúde japoneses estão relutantes em fornecer informação aberta porque os jornalistas médicos japoneses tendem a embelezar, sensacionalizar, e em alguns casos fabricar críticas anti-médicas com poucos recursos para os prestadores de cuidados de saúde para corrigir as falsas alegações, uma vez feitas. Contudo, o aumento do número de visitas hospitalares per capita em comparação com outras nações e o resultado geral geralmente bom sugere que a taxa de eventos médicos adversos não é superior à de outros países.
É importante ter eficiência no envio de doentes para o local médico correcto porque existe um problema de falta de pessoal. Cerca de 92% dos hospitais no Japão têm um número insuficiente de médicos, ao mesmo tempo que têm um número suficiente de enfermeiros. Enquanto apenas 10% dos hospitais têm um número suficiente de médicos e um número insuficiente de enfermeiros.