Die fünfzehnte Mission in der Kette, die Mission San Juan Bautista, wurde von Pater Lasuén am 24. Juni 1797 gegründet, dem Festtag von Johannes dem Täufer, dem Schutzpatron der Mission.
Gleich wie die Mission wurde auch die charmante Stadt, in der sie steht, erhalten. Nach dem Vorbild einer spanischen Stadt sind rund dreißig historische Gebäude in der Umgebung der Mission zu sehen, die den Besuchern einen Einblick in das Leben zur Zeit der Mission geben. Die Mission befindet sich an der Plaza San Juan Bautista. Das Plaza Hotel aus dem Jahr 1814 diente als Kaserne der Mission. Das Zenneta House, oder die Plaza Hall, stammt aus dem Jahr 1868. Der Plaza Stall wurde 1874 erbaut und diente als Zwischenstation für Reisende.
Die Mission San Juan Bautista befindet sich in der unglücklichen Lage, an der San-Andreas-Verwerfung zu liegen. Das starke Erdbeben von 1906 zerstörte die äußeren Kirchenmauern und andere Gebäude.
In der Nähe der Mission befindet sich ein unberührter Abschnitt des berühmten El Camino Real, oder Kings Highway. Gleich hinter der Friedhofsmauer befindet sich eine Markierung, die die Richtung anzeigt, in der die Straße verlief, die die einundzwanzig Missionen, insgesamt sechshundertfünfzig Meilen, von San Diego nach San Rafael verband.
San Juan Bautista rühmt sich mit der einzigen dreischiffigen Kirche unter allen Missionen. Die Torbögen, die das Mittelschiff von den Seitenschiffen trennen, wurden bei dem Erdbeben von 1812 zerstört. Die Patres füllten daraufhin die beiden Seitenschiffe auf. Die Restaurierung der Kirche im Jahr 1975 ermöglichte es jedoch, die Seitenschiffe wieder zu öffnen und der Kirche ihr ursprüngliches dreischiffiges Design zurückzugeben.
Vieles in der Kirche ist noch so, wie es 1812 war, wobei das Retabel des Hauptaltars und die Bultos weitgehend unrestauriert sind. Wer genau hinschaut, wird auf den Bodenfliesen der Kirche Tierabdrücke entdecken, die entstanden, als die Fliesen zum Trocknen in der Sonne liegen gelassen wurden. Die Kirche beherbergt auch die größte und vollständigste Sammlung von Apostelgemälden in der Missionskette.