La principal diferencia entre el B2B y el B2C es que el primero se refiere a la transacción comercial entre el fabricante y el minorista, y el segundo es el minorista el que suministra los bienes al consumidor.
En el B2B hay empresarios en ambas partes, mientras que en el B2C normalmente hay un empresario y un consumidor. En el primer caso la decisión es perseguida por la necesidad (porque el otro negocio lo necesita), y en el segundo caso son expectativas más que necesidades.El B2B tiene muchos vendedores y diferentes tiendas, mientras que el B2C, suele ser un solo proveedor. El B2B se concentra en los datos en bruto para otra empresa, pero el B2C se centra en producir algo para los consumidores. Una transacción B2B conlleva la gestión de contratos de abastecimiento directo, lo que implica la negociación de las condiciones que establecen los precios y otros factores diversos, como el precio por volumen, las preferencias del transportista y la logística, etc. La transacción B2C es más clara, tiene una gestión de contratos de aprovisionamiento al contado que ofrece una tarifa minorista fija para cada artículo vendido. El tiempo también es una diferencia, ya que el B2B tiene un proceso más lento que el B2C, que se concluye en períodos más cortos (que pueden ser minutos o días). El negocio entre empresas suele requerir una inversión inicial, mientras que el negocio entre clientes no necesita que la empresa gaste dinero en infraestructura. La última diferencia que se menciona aquí es que en el B2B tienen que ocuparse de la conectividad del back-office y de facturar a una serie de socios y proveedores diferentes, mientras que el B2C da lugar a transacciones más fluidas, ya que las opciones, como el cibercash, permiten a la empresa aceptar una mayor variedad de opciones de pago. El B2B, al tratarse normalmente de importes mayores durante periodos de tiempo más largos, suele tener unos costes más elevados que el B2C, que suele consistir en transacciones rápidas y diarias.En el B2B, la marca de la que depende la reputación es la relación personal entre las empresas. En cambio, en el B2C, la reputación de la empresa suele alimentarse a través de la publicidad y los medios de comunicación.
En muchos casos, el volumen global de las transacciones B2B (de empresa a empresa) es mucho mayor que el de las transacciones B2C. La razón principal de esto es que en una cadena de suministro típica habrá muchas transacciones B2B que involucran subcomponentes o materias primas, y sólo una transacción B2C, específicamente la venta del producto terminado al cliente final. Por ejemplo, un fabricante de automóviles realiza varias transacciones B2B, como la compra de neumáticos, cristales para las ventanas y mangueras de goma para sus vehículos. La transacción final, un vehículo terminado vendido al consumidor, es una única transacción (B2C).