El Rancho Boca de la Playa, concedido a Don Emigdio Vejar, fue el título de propiedad inicial emitido en la zona que ahora se conoce como Capistrano Beach. La tierra fue vendida a Juan Abila en 1860, y luego comprada por Marcus A Forster en 1886. Forster vendió una franja del terreno al Ferrocarril de San Bernardino y San Diego. El ferrocarril, en colaboración con el California Central Railway, construyó una línea ferroviaria entre Los Ángeles y San Diego, con una estación en Capistrano. La estación se llamó inicialmente San Juan by the Sea, pero en 1910 se cambió a Serra, el nombre del distrito escolar recién formado.
El desarrollo de Capistrano Beach comenzó en 1925 con casas residenciales en el acantilado. El Capistrano Beach Club fue construido a lo largo de la orilla del nuevo desarrollo. En 1929, la Petroleum Securities Company (propiedad de Edward L. Doheny) se convirtió en la nueva propietaria de la urbanización Capistrano Beach. En 1931, tras la muerte del hijo de Doheny, éste donó más de 40 acres (16 ha) al estado para la playa estatal de Doheny. Capistrano Beach pasó a formar parte de la ciudad de Dana Point en 1989.
Durante la excavación del terreno durante la urbanización, se descubrieron los huesos de un mastodonte (o posiblemente un mamut) en 2016.
El muelle de madera de 1.180 pies (360 m) es popular para pasear, hacer turismo y pescar. El muelle fue gravemente dañado por las olas en 1964, tras lo cual fue condenado y demolido 1965. El Capistrano Beach Club se deterioró y, a finales de la década de 1960, fue desmantelado.
Durante las tormentas de 2018, un paseo marítimo se derrumbó y una cancha de baloncesto al aire libre resultó gravemente dañada tras ser socavada por la erosión causada por las olas. La tormenta dejó al descubierto viejos coches colocados allí décadas antes como parte de un muro marino ahora corroído. Se colocaron más rocas para proteger la cancha de baloncesto que resultó dañada.