En 1912, Roy E. Farmer inició un pequeño negocio de tostado de granos de café y venta a domicilio en Los Ángeles, California. Tras una década de éxito, Farmer se constituyó en sociedad en 1923 y, al mismo tiempo, amplió el alcance de la empresa para incluir la venta de equipos de café, con la adquisición de Western Urn Manufacturing. A medida que la empresa crecía, empezaron a abrir sucursales por toda California, estableciendo rápidamente una notable presencia en el desarrollo de San Francisco. A partir de la década de 1930, Farmer Brothers se diversificó para incluir la venta y distribución no sólo de café en grano y equipos, sino de una selección más amplia de artículos de apoyo a la restauración.
Cuando Roy E. Farmer murió en 1951 a la edad de 59 años, su hijo, Roy F. Farmer, asumió el control de la empresa. La transición resultó dura para la empresa, ya que el joven Farmer se vio obligado a sacar la empresa a bolsa en 1952. Cuando Roy F. se asentó, fue capaz de mejorar en gran medida la eficiencia de la producción y aumentar los márgenes de beneficio. En los siguientes años de Roy F. Farmer como presidente, director general y presidente, la empresa alcanzó un máximo de 240 millones de dólares en ventas en 1998. En ese momento, la empresa contaba con casi 100 sucursales en 29 estados del oeste de Estados Unidos. Los accionistas exigían una mayor transparencia en las operaciones y la estrategia de mercado de la empresa, querían que los ejecutivos trabajaran con los analistas de Wall Street y querían que se añadieran directores independientes al consejo de administración. A pesar de ello, la empresa siguió siendo bastante privada y cerrada al público. En el momento de la muerte de Roy F. Farmer, tras una etapa de más de 50 años al frente de la empresa (tenía 87 años), no se había nombrado a un sucesor.
En los años siguientes a la muerte de Farmer, Guenter Berger ocupó el puesto de director general y Roy E. Farmer dejó la empresa durante un tiempo. Algún tiempo después, Roger M. Laverty III fue nombrado director general y presidente y, durante su mandato, Farmer Brothers adquirió Coffee Bean International y el negocio de café Direct Store Delivery de Sara Lee. La última adquisición fue por un importe de 45 millones de dólares. Ocupó el cargo hasta abril de 2011. En ese momento, Jeffrey Wahba (tesorero y director financiero) y Patrick Criteser (presidente y director general de Coffee Bean International) fueron nombrados por la junta directiva como codirectores generales de forma interina.
En marzo de 2012, la empresa nombró un nuevo director general y presidente, Michael Keown. Keown llegó a la empresa desde WhiteWave Foods, una filial de Dean Foods Company. Luego, el 15 de abril de 2013, Farmer Bros. nombró a Mark Nelson como su nuevo director financiero.
El 28 de abril de 2015, Farmer Brothers anunció que trasladará su sede de Torrance a Northlake, Texas, para ahorrar entre 12 y 15 millones de dólares anuales. El presidente y director general Mike Keown dijo «Vamos a trasladar la sede de nuestra empresa a una instalación de última generación en una ubicación central para nuestra base de clientes en todo el país, y proporcionar la capacidad de fabricación incremental para apoyar el crecimiento futuro.» La nueva sede de Northlake está programada para abrirse en 2016 y traerá 300 nuevos empleos, convirtiéndose en el mayor empleador de Northlake.
En 2016, Farmer Brothers adquirió Boyd’s Coffee.