El museo se fundó en 1991 con el nombre de Children’s Museum of Snohomish County, como parte de una iniciativa de todo el condado para establecer lugares orientados a los niños en el condado de Snohomish por parte de la Comisión Infantil del gobierno del condado. Se inauguró en 1993 en un local de la cercana Marysville, pero en 1995 tuvo que trasladarse a un espacio temporal en el centro de Everett. El gobierno del condado planeó ubicar el museo de forma permanente en McCollum Park, en Mill Creek, pero los planes se vinieron abajo a finales de la década de 1990, lo que llevó a una donación de la familia Schack para financiar un museo permanente en el centro de Everett.
El nuevo museo de 4,75 millones de dólares, una antigua sucursal del Everett Mutual Bank con 20.000 pies cuadrados (1.900 m2) de espacio, se inauguró el 17 de octubre de 2004, y fue rebautizado como Imagine Children’s Museum. En su primer año en la ubicación ampliada, el museo informó de una asistencia de 146.000 personas, más del cuádruple de su asistencia anual en sus ubicaciones temporales.
En 2020, el museo anunció planes para una expansión de cuatro pisos que añadiría 47.000 pies cuadrados (4.400 m2) en el aparcamiento sur. El proyecto de ampliación, que costaría 25 millones de dólares, está previsto que se inaugure en 2022 e incluya exposiciones sobre los hábitats del bosque, un escenario de teatro de marionetas y una grúa de construcción al aire libre.