Trabajos tempranos
Bacon se fue de casa a los 17 años para seguir una carrera teatral en Nueva York, donde apareció en una producción de la escuela de teatro Circle in the Square. «Quería la vida, tío, la de verdad», recordó más tarde a Nancy Mills, de Cosmopolitan. «El mensaje que recibí fue: ‘Las artes lo son. Los negocios son el trabajo del diablo. El arte y la expresión creativa están al lado de la divinidad’. El debut de Bacon en la comedia de fraternidad National Lampoon’s Animal House (1978) no le dio la fama que buscaba, y volvió a trabajar como camarero y a presentarse a pequeños papeles en el teatro. Trabajó brevemente en las telenovelas Search for Tomorrow (1979) y Guiding Light (1980-81) en Nueva York.
Década de 1980
En 1980, apareció en la película de terror Friday the 13th. Algunos de sus primeros trabajos teatrales fueron Getting Out, representada en el Phoenix Theater de Nueva York, y Flux, en el Second Stage Theatre durante su temporada 1981-1982.
En 1982, ganó un premio Obie por su papel en Forty Deuce, y poco después debutó en Broadway en Slab Boys, con los entonces desconocidos Sean Penn y Val Kilmer. Sin embargo, no fue hasta que interpretó a Timothy Fenwick ese mismo año en la película Diner, de Barry Levinson, con Steve Guttenberg, Daniel Stern, Mickey Rourke, Tim Daly y Ellen Barkin, cuando causó una impresión indeleble entre los críticos y los espectadores. Richard Corliss, de TIME, comparó Footloose con el clásico de James Dean Rebelde sin causa y con los viejos musicales de Mickey Rooney y Judy Garland, y comentó que la película incluye «motivos sobre la quema de libros, la crisis de la mediana edad, los padres ausentes sin permiso, los accidentes de coche mortales, la aplicación de la ley de drogas y el vigilantismo del Cinturón de la Biblia». Para prepararse para el papel, Bacon se matriculó en un instituto como estudiante trasladado con el nombre de «Ren McCormick» y estudió a los adolescentes antes de salir a mediodía. Bacon obtuvo buenas críticas por Footloose. El éxito de crítica y taquilla de Bacon le llevó a un periodo de encasillamiento en papeles similares a los que interpretó en Diner y Footloose, y tuvo dificultades para sacudirse esta imagen en pantalla. Durante los años siguientes eligió películas que le encasillaban en cualquiera de los dos tipos y experimentó, según su propia estimación, un bajón en su carrera.
En 1988, protagonizó la comedia de John Hughes She’s Having a Baby, y al año siguiente estuvo en otra comedia llamada The Big Picture.
Década de 1990
En 1990, Bacon tuvo dos papeles de éxito. Interpretó a un personaje que salvaba a su pueblo de los monstruos «graboides» de debajo de la tierra en la película de comedia/horror Temblores, y encarnó a un serio estudiante de medicina que experimenta con la muerte en Flatliners, de Joel Schumacher.
En el siguiente proyecto de Bacon protagonizó junto a Elizabeth Perkins He Said, She Said. A pesar de las tibias críticas y la escasa afluencia de público, He Said, She Said fue reveladora para Bacon. Requerido para interpretar un personaje con actitudes sexistas, admitió que el papel no era tan grande para él.
Para 1991, Bacon empezó a abandonar la idea de interpretar a hombres principales en películas de gran presupuesto y a rehacerse como actor de carácter. «La única forma en que iba a poder trabajar en proyectos ‘A’ con directores realmente ‘A’ era si yo no era el tipo que protagonizaba», le confió al escritor de The New York Times Trip Gabriel. «No puedes permitirte montar una película de 40 millones de dólares si no tienes a tu estrella». Ese año actuó como el prostituto gay Willie O’Keefe en JFK, de Oliver Stone, y pasó a interpretar a un fiscal en el drama judicial militar A Few Good Men. Ese mismo año volvió al teatro para actuar en Tacones de aguja, dirigida por Michael Greif.
En 1994, Bacon obtuvo una nominación al Globo de Oro por su papel en El río salvaje, junto a Meryl Streep. Describió la película a Chase en Cosmopolitan como un «rodaje agotador», en el que «cada uno de nosotros se cayó del barco en un momento u otro y tuvo que ser salvado».
Su siguiente película, Murder in the First, le valió el premio de la Asociación de Críticos de Cine de la Radiodifusión en 1995, el mismo año en que protagonizó el éxito de taquilla Apolo 13. Bacon volvió a interpretar un papel oscuro de marca en Sleepers (1996). Este papel contrasta fuertemente con su aparición en la comedia romántica desenfadada, Picture Perfect (1997).
Bacon debutó como director con el telefilme Losing Chase (1996), que fue nominado a tres premios Globo de Oro, y ganó uno. Ese año, Bacon volvió a resucitar su mística de bicho raro como invitado de casa con problemas mentales en Digging to China y como disc-jockey corrompido por la payola en Telling Lies in America. Como productor ejecutivo de Wild Things (1998), Bacon se reservó un papel secundario y pasó a protagonizar Stir of Echoes (1999), dirigida por David Koepp.
La década de 2000
En el año 2000, apareció en Hollow Man, de Paul Verhoeven. Bacon, Colin Firth y Rachel Blanchard representan un ménage à trois en su película Where the Truth Lies. Bacon y el director Atom Egoyan han condenado la decisión de la junta de clasificación de la MPAA de calificar la película como «NC-17» en lugar de la preferible «R». Bacon comentó: «No lo entiendo, cuando veo que películas (que) son extremadamente violentas, extremadamente objetables a veces en cuanto a los papeles que interpretan las mujeres, se deslizan con una R, sin problema, porque resulta que la gente lleva más ropa.»
En 2003 actuó junto a Sean Penn y Tim Robbins en la película de Clint Eastwood Mystic River.
Bacon volvió a ser aclamado por un oscuro papel protagonista interpretando a un pederasta en libertad condicional en The Woodsman (2004), por el que fue nominado a mejor actor y recibió el Independent Spirit Award. Apareció en la producción de HBO Films Taking Chance, basada en una historia homónima escrita por el teniente coronel Michael Strobl, un veterano de guerra estadounidense de la Tormenta del Desierto. La película se estrenó en HBO el 21 de febrero de 2009. Bacon ganó un Globo de Oro y un Premio del Sindicato de Actores por su papel en la categoría de Interpretación Masculina en una Miniserie o Película para Televisión.
La década de 2010
El 15 de julio de 2010 se confirmó que Bacon aparecería en X-Men: First Class. Su personaje era el villano mutante Sebastian Shaw.
En marzo de 2012, Bacon participó en una representación de la obra de teatro de Dustin Lance Black, 8 -una recreación escenificada del juicio federal que anuló la prohibición del matrimonio entre personas del mismo sexo en California- como el abogado Charles J. Cooper. La producción tuvo lugar en el Wilshire Ebell Theatre y se emitió en YouTube para recaudar fondos para la Fundación Americana para la Igualdad de Derechos.
De 2013 a 2015, Bacon protagonizó el papel de Ryan Hardy en la serie de televisión de FOX The Following. En 2013, ganó un premio Saturn al mejor actor de televisión por ese papel.
En 2015, dijo en una entrevista en el Huffington Post que le gustaría volver a la franquicia Tremors. Sin embargo, Bacon no aparece en Tremors 5: Bloodline (2015).