Los Saltdogs se formaron cuando los Madison Black Wolf fueron vendidos y trasladados a Lincoln después de la temporada 2000. El equipo fue miembro de la Northern League de 2001 a 2005. Después de la temporada 2005, los Saltdogs (junto con los St. Paul Saints, Sioux City Explorers y Sioux Falls Canaries) dejaron la Northern League para formar la American Association.
Los Saltdogs consiguieron su primer título de liga en 2009, ganando el campeonato de la American Association. Su récord general de la temporada regular fue de 49-47, pero Lincoln llegó a 27-21 para reclamar el título de la segunda mitad de la División Norte y avanzó al campeonato al derrotar al campeón de la primera mitad de la División Norte, Wichita Wingnuts, en la serie de división, tres juegos a dos. Los Saltdogs luego reclamaron el título al derrotar al campeón de la División Sur, los Pensacola Pelicans, tres juegos a dos, con el quinto juego decidido por un marcador de 2-1 en el Pelican Park en Pensacola.
Lincoln celebró su décimo aniversario en 2010, y el equipo aseguró su cuarto puesto en los playoffs en las cinco temporadas anteriores. Los Saltdogs terminaron con un récord general de 51-45, la séptima vez en diez años que Lincoln alcanzó la meseta de 50 victorias, y la novena vez en diez temporadas que el equipo terminó por encima de la marca de .500. Aunque los Saltdogs no ganaron el título de la división en 2010, su récord general fue lo suficientemente bueno como para clasificarse para la postemporada a través de una plaza de comodín. Lincoln ha obtenido cuatro plazas de comodín en los playoffs a lo largo de su historia, y las tres primeras (2001, 2002 y 2005) se produjeron durante la época del equipo en la Northern League.
Los Saltdogs llegaron a los playoffs en cada uno de sus dos primeros años en la American Association. Tanto en 2006 como en 2007, terminaron con el mejor récord general de la liga en la temporada regular, ganando tres de los cuatro títulos de la División Norte (tanto el título de la primera mitad como el de la segunda mitad en 2006, y el título de la primera mitad en 2007). Su racha de 14 victorias en 2007 es la más larga de la historia del equipo. Los Saltdogs tuvieron el mejor récord general (272-204) de cualquier equipo en los primeros cinco años de la Asociación Americana.
Kash Beauchamp fue el primer mánager en la historia de los Saltdogs, aunque su mandato duró sólo 42 partidos en la temporada 2001, durante la cual el equipo se fue 21-21 (.500). El lanzador Les Lancaster sustituyó a Beauchamp y llevó a Lincoln a los playoffs en 2001 y 2002. Lancaster actuó como jugador-director durante los primeros diez días de su gestión antes de pasar exclusivamente al banquillo. Llevó al equipo a un récord de temporada regular de 86-53 (.619) y un récord de postemporada de 6-7. Después de la temporada 2002, Lancaster se marchó y fue sustituido por el antiguo entrenador de los Toronto Blue Jays, Tim Johnson. Johnson pasó seis temporadas con los Saltdogs, recopilando un récord de 314-252 (.555) en la temporada regular y un récord de 2-9 en la postemporada. Lincoln llegó a los playoffs en tres ocasiones bajo el mando de Johnson (2005, 2006 y 2007) y ganó tres campeonatos de división (títulos de la primera y segunda parte de la División Norte de la Asociación Americana en 2006, título de la primera parte de la División Norte en 2007). Johnson dimitió como mánager al final de la temporada 2008 y fue sustituido por Marty Scott, que había dirigido a los New Orleans Zephyrs de la Triple A durante la temporada 2008. Scott ganó dos campeonatos entre 1995 y 2000 como mánager de los St. Paul Saints y guió a Lincoln al campeonato de 2009, su cuarto en total como mánager. Durante dos temporadas en Lincoln, Scott compiló un récord de 100-92 (.521) en la temporada regular y un récord de 6-7 en la postemporada.
En 2020, la liga anunció que los Saltdogs no fueron seleccionados como uno de los seis equipos que participarán en una temporada condensada como resultado de la pandemia de COVID-19. Se irán a una pausa en la temporada, con planes de regresar en 2021.
