Se sabe que los zorros voladores de Australia son portadores de dos infecciones que pueden suponer un grave riesgo para la salud humana: el lisavirus del murciélago australiano y el virus de la hendra (Henipavirus). Estas enfermedades transmitidas por los murciélagos, exclusivas de Queensland, se encuentran entre los virus más mortíferos del mundo occidental. Aunque son raras, estas enfermedades siguen desconcertando a los profesionales de la medicina. Estas enfermedades transmitidas por murciélagos son casi siempre mortales. Las infecciones humanas por estos virus son, afortunadamente, muy raras.
El virus Hendra es un virus que infecta principalmente a los megabates (grandes murciélagos de la fruta, o «zorros voladores») y que puede transmitirse a los caballos. Al igual que el ébola y el marburgo, el hendra es una fiebre hemorrágica con una mortalidad de alta a muy alta (50-90%). Tanto el virus del ébola como el de marburgo se han asociado a los megabates como vectores infecciosos. Se cree que los caballos contraen el virus de Hendra al ingerir alimentos o agua contaminados con fluidos corporales y excreciones de megabats infectados. El virus puede ser mortal tanto para los humanos como para los caballos. Cuando no hay manipulación ni contacto físico directo con los zorros voladores, el riesgo para la salud pública es insignificante.
Sólo se conocen tres personas que hayan sobrevivido al virus de Hendra transmitido por murciélagos.Hasta ahora, más de la mitad de las personas que han contraído el virus de Hendra han muerto en seis semanas, sin embargo no ha habido supervivientes de una segunda enfermedad transmitida por murciélagos en Queensland. En 1994 se descubrió por primera vez el lyssavirus -un pariente cercano del virus de la rabia- en un zorro volador que presentaba síntomas cerca de Ballina, en Nueva Gales del Sur (en la frontera con Queensland). El lyssavirus ha matado a las tres únicas personas que lo han contraído.