Decimoquinta en la cadena, la Misión de San Juan Bautista fue fundada por el Padre Lasuén el 24 de junio de 1797; el día de Juan Bautista, patrón de la misión.
Así como la misión se ha conservado, también lo ha hecho la encantadora ciudad en la que se encuentra. Siguiendo el modelo de un pueblo español, una treintena de edificios históricos ocupan los alrededores de la misión, ofreciendo a los visitantes una visión de cómo era la vida en la época de la misión. La misión se encuentra en la Plaza San Juan Bautista. El Hotel Plaza, que data de 1814, sirvió como cuartel de la misión. La Casa Zenneta, o Salón de la Plaza, data de 1868. El Establo de la Plaza se construyó en 1874 para servir de parada a los viajeros.
La Misión San Juan Bautista se encuentra en la desafortunada situación de estar en la Falla de San Andrés. El potente terremoto de 1906 arruinó los muros exteriores de la iglesia y otros edificios.
Cerca de la misión se encuentra un tramo virgen del famoso El Camino Real, o Kings Highway. Justo después del muro del cementerio hay un marcador que muestra la dirección que tomaba el camino, conectando las veintiuna misiones, seiscientas cincuenta millas en total, desde San Diego hasta San Rafael.
San Juan Bautista cuenta con la única iglesia de tres naves entre todas las misiones. Los arcos, que separan el centro de las naves laterales, fueron destruidos en el terremoto de 1812. Los padres rellenaron entonces las dos naves laterales. Sin embargo, la restauración de la iglesia en 1975 permitió reabrir las naves laterales, devolviendo a la iglesia su diseño original de tres naves.
La mayor parte de la iglesia permanece como en 1812, con el retablo del altar principal y los bultos en gran parte sin restaurar. Preste atención a las baldosas del suelo de la iglesia y observará las huellas de animales que se hicieron mientras las baldosas se dejaban secar al sol. La iglesia también alberga la mayor y más completa colección de pinturas de apostolado de la cadena de misiones.