Las familias cambian gradualmente de una generación a otra, pero a medida que pasan las generaciones, las diferencias en las líneas familiares se hacen más marcadas. Las diferencias se desarrollan de la siguiente manera. El funcionamiento general de la vida de un individuo está estrechamente relacionado con su nivel de madurez o diferenciación emocional. Las personas seleccionan parejas matrimoniales que tienen el mismo nivel de madurez emocional. La inmadurez emocional se manifiesta en necesidades y expectativas poco realistas. Las necesidades y expectativas contrapuestas entre los miembros de la familia, agravadas por las inevitables tensiones de la vida, generan ansiedad. Los sistemas familiares funcionan de tal manera que la ansiedad se desplaza y es «absorbida» por ciertas partes del sistema; por ejemplo, los padres pueden exteriorizar la ansiedad en un conflicto matrimonial, uno de los padres puede absorber la ansiedad y volverse vulnerable a una disfunción emocional, física o social, o los padres pueden centrar sus ansiedades en sus hijos. En la focalización en los hijos, un hijo suele heredar más de las inmadureces o debilidades de los padres y otro puede heredar más de sus fortalezas. Dado que los hijos eligen compañeros de madurez similar, a medida que los procesos se repiten a través de las generaciones, el funcionamiento maduro y estable se construye en algunas líneas familiares y el funcionamiento inmaduro e inestable se construye en otras.
El proceso familiar se rige por un sistema emocional conformado por la larga línea de especies que condujo a la evolución del Homos sapiens. Los seres humanos también tienen un sistema intelectual que hace posible cierta objetividad sobre el funcionamiento emocional. Los sentimientos son la experiencia subjetiva de algunos aspectos del funcionamiento del sistema emocional. La capacidad de distinguir los pensamientos y los sentimientos, y de actuar sobre el pensamiento cuando es importante hacerlo, se correlaciona con el «nivel» de diferenciación de un individuo. La terapia es un proceso para aumentar la diferenciación o la capacidad de equilibrar la reactividad automática y la subjetividad con una visión objetiva de uno mismo y de los demás». (Michael Kerr, M.D., 1997)
El objetivo de la terapia Bowen es comprender y aplicar los principios y conceptos de la teoría Bowen con el fin de desarrollar opciones más efectivas para disminuir la ansiedad crónica, aumentar las habilidades de autogestión más efectivas en relación con los demás importantes, y aumentar la flexibilidad y la resiliencia para hacer frente a los desafíos de la vida.