Nous sommes à peine à une semaine de l’année 2021 et il y a déjà des alertes urgentes concernant une nouvelle souche virale pandémique qui se propage subrepticement et exponentiellement à travers le monde.
Cela a un air de déjà vu. Mais en un sens, c’est une bonne chose : il ne s’agit pas d’un nouveau chapitre de la saga épuisante du SRAS-CoV-2, le virus à l’origine du Covid-19, que les vaccins nouvellement disponibles vont lentement maîtriser.
L’humanité n’était pas du tout préparée à notre combat contre le SRAS-Cov-2 lorsqu’il est apparu fin 2019. Nous avons donc perdu face à lui.
Publicité
Mais nous sommes mieux préparés pour ce nouvel ennemi, appelé B.1.1.7, ou B-117 pour faire court.
Nous comprenons déjà comment ce nouveau virus se propage, quelles stratégies de santé publique peuvent aider à le contenir, et comment traiter efficacement les personnes infectées. Nous effectuons déjà chaque jour des millions de tests de diagnostic qui peuvent détecter de manière sensible le nouvel agent pathogène et le distinguer de notre ancien ennemi.
Publicité
Toute personne ayant déjà eu Covid-19 est hautement résistante au B-117, une variante du SRAS-CoV-2. Donc, à un certain égard, l’ancien virus nous aide contre le nouveau. Plus important encore, les nouveaux vaccins qui ont été développés contre le SRAS-CoV-2 et qui sont en train d’être déployés aux États-Unis et dans plusieurs autres pays du monde sont susceptibles de nous protéger contre le B-117, ce qui signifie que les campagnes de vaccination pourraient vaincre les deux virus.
Pour autant, le B-117 a deux avantages critiques. Le premier est que nous sommes à juste titre épuisés par la lutte contre le Covid-19. Les gens peuvent avoir du mal à rassembler l’énergie nécessaire pour répondre à une nouvelle menace virale, en particulier lorsque la montée du nouveau virus est cachée dans la mer plus large des cas de SRAS-CoV-2. D’autre part, les cas de B-117 peuvent augmenter beaucoup plus rapidement que ceux de notre ennemi de 2020. Au Royaume-Uni, où le B-117 semble avoir évolué, la plupart des districts qui ont imposé des conditions d’interdiction de séjour de niveau 4 ont maintenu les cas de SRAS-CoV-2 au même niveau, mais ont vu le B-117 se multiplier par 10 toutes les trois semaines environ. Le même schéma de croissance exponentielle semble avoir commencé au Danemark.
Que cela pourrait-il signifier pour les au moins 32 pays en dehors du Royaume-Uni avec des cas confirmés de B-117 ?
Supposons que votre communauté utilise des masques et la distanciation pour maintenir des niveaux de transmission du SRAS-CoV-2 plats, mais qu’elle a détecté un seul cas de B-117 (plus 1 000 cas de SRAS-CoV-2). Dans trois semaines, votre communauté pourrait compter dix cas quotidiens de B-117 (plus 1 000 cas de SRAS-CoV-2). Dans six semaines, il pourrait y avoir 100 cas de la nouvelle variante (plus 1 000 cas de SRAS-CoV-2). Dans neuf semaines, la moitié des cas pourraient être des cas de B-117, et le nombre de cas continuera d’augmenter même lorsque la propagation des deux virus aura ralenti en raison de l’immunité acquise par la population grâce à l’infection et à la vaccination. Ces estimations visent à illustrer ce qui peut se produire, mais sont cohérentes avec ce que nous savons de la propagation comparative du B-117 et d’autres souches de SRAS-CoV-2.
Parce que le B-117 peut se développer de manière exponentielle même dans les communautés qui gardent le SRAS-CoV-2 sous contrôle, la situation est extrêmement urgente. Si nous voulons que la vaccination gagne cette nouvelle course, nous devons ralentir le nouveau virus pendant qu’il est encore rare.
La première étape consiste à trouver l’ennemi. Chaque semaine, Thermo Fisher fabrique 20 millions de kits de test TaqPath capables de détecter le B-117, qui présente un schéma de » chute du gène S » qui le distingue du SRAS-CoV-2. Ces kits, un équivalent des tests PCR utilisés pour détecter l’infection par le SRAS-CoV-2, et/ou le séquençage génétique peuvent être utilisés sur des échantillons déjà testés positifs pour le SRAS-CoV-2 afin de voir lesquels d’entre eux étaient en fait des B-117. Aucune autorisation d’utilisation d’urgence n’est requise pour analyser davantage les échantillons positifs.
La deuxième étape consiste à rediriger les ressources vers la nouvelle menace qui se propage plus rapidement. Les tests et la recherche des contacts peuvent ralentir la propagation d’agents pathogènes rares comme le B-117, mais deviennent comparativement inefficaces lorsque les cas sont trop nombreux. De multiples modèles (dont un développé par l’un d’entre nous, K.E.) montrent que le traçage bidirectionnel pour trouver à la fois les sources d’infection ainsi que les personnes qui y sont exposées peut prévenir plus de deux fois plus de cas que les méthodes standard.
Cela suggère que dès que la première personne est diagnostiquée avec le B-117 dans une communauté, les traceurs de contacts locaux devraient laisser tomber tout le reste afin de cartographier la chaîne complète de transmission de la nouvelle souche en utilisant toutes les ressources disponibles. Les traqueurs chevronnés peuvent se rendre au domicile des contacts pour leur fournir des conseils médicaux, prélever des échantillons qui seront envoyés par courrier aux laboratoires afin d’être testés pour le B-117 avec des résultats le lendemain, et offrir des fournitures aux personnes qui doivent s’auto-quarantifier.
Des garanties largement diffusées d’exonération légale pour tout ce qui est révélé au cours de la recherche des contacts pourraient aider à combattre la méfiance. Les gouvernements devraient également offrir une compensation financière et le maintien de l’emploi aux personnes exposées s’auto-carantinant chez elles et aux personnes B-117-positives s’isolant, si nécessaire, dans des chambres d’hôtel ou d’autres logements fournis par le public. Parce que cette nouvelle menace reste rare dans la majeure partie du monde, nous avons une deuxième chance d’appliquer les contre-mesures de dépistage et de traçage qui ont permis de contenir la propagation initiale dans certains endroits, et qui ont échoué dans beaucoup d’autres parce que le SRAS-CoV-2 était déjà trop répandu.
La troisième étape consiste à envisager de détourner des doses de vaccins Covid-19 vers toute région présentant d’importants groupes de cas pour une vaccination de toute la communauté. Pour être clair, nous avons très peu de données montrant à quel point les vaccins actuels préviennent l’infection ou la transmission du B117. Pourtant, les données que nous avons suggèrent que l’effet pourrait être substantiel, comme c’est le cas pour pratiquement tous les autres vaccins viraux.
Compte tenu de l’énorme importance de bloquer la croissance exponentielle du B-117 à un stade précoce, il semble utile d’essayer rapidement cette approche, de surveiller les résultats et d’adapter au fur et à mesure que nous apprenons à quel point elle fonctionne bien. La dernière fois, nous ne disposions pas de cette solution miracle potentielle. Maintenant, elle pourrait renverser la vapeur.
Deux autres étapes sont nécessaires. Dans l’immédiat, il faut développer des diagnostics capables de détecter d’autres variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2, comme la souche 501.V2 qui est apparue en Afrique du Sud mais dont on ne sait pas encore si elle s’est propagée aux États-Unis ou dans de nombreux autres pays hébergeant le B-117. Cette variante ne semble pas encore être aussi transmissible que la B-117, mais les questions concernant sa vulnérabilité aux vaccins Covid-19 n’ont pas encore été résolues.
Dès maintenant, au cours des prochaines années, nous devons construire un système de surveillance génomique pour détecter les changements évolutifs des agents pathogènes viraux, bactériens et autres qui pourraient nécessiter de nouvelles mesures pour protéger la santé publique, et qui pourrait détecter les nouveaux agents pathogènes pandémiques de toute provenance suffisamment tôt pour intervenir. Le besoin est mondial, aussi, alors que les États-Unis mettent à niveau leurs systèmes nationaux, nous devrions tirer les leçons de l’expérience des pays qui ont été plus agiles pour repérer les nouvelles variantes, comme le Royaume-Uni et l’Afrique du Sud, et aider les autres à mettre en place leurs propres systèmes.
La surveillance génomique sera un pilier central du projet plus vaste de mise à niveau massive des systèmes d’information de santé publique qui ont échoué à de nombreuses étapes de la pandémie actuelle de Covid-19.
Ceux qui sont fatigués et impatients que le drame de la pandémie se termine – une catégorie qui nous inclut tous les deux – peuvent se consoler en se disant que la lumière au bout du tunnel continue de s’éclairer, même si l’émergence du B-117 ajoute une mesure supplémentaire d’urgence. Biologiquement, le nouveau virus est une variante évoluée du SRAS-CoV-2. Sur le plan épidémiologique, il semble être un ennemi distinct et plus redoutable, mais pour lequel nous sommes bien mieux préparés.
Nous sommes en 2021, et une autre course a commencé. Gagnons celle-ci.
Kevin Esvelt est professeur adjoint au Media Lab du Massachusetts Institute of Technology, où il dirige le groupe Sculpting Evolution. Marc Lipsitch est professeur aux départements d’épidémiologie et d’immunologie et des maladies infectieuses de l’école de santé publique T.H. Chan de Harvard, où il dirige également le Centre pour la dynamique des maladies transmissibles.
.