多発性硬化症（MS）は、多くの医学研究者によって、自己免疫疾患であると考えられています。 これは、体の免疫系が自分の組織に対抗することである。 自己免疫疾患には、ループス、関節リウマチ、乾癬、クローン病など多くの疾患があります。
MSでは。
MSでは、神経細胞を囲んで絶縁している脂肪質のミエリン被膜を免疫系が攻撃して（脱髄と呼ばれるプロセス）、病変が生じます。
他の自己免疫疾患を持っていることも、MS発症のわずかに高いリスク要因となる可能性があります。
甲状腺疾患
MSは甲状腺疾患との関連性が指摘されています。 しかし、これに関する研究はわずかしかありません。
研究者らは、慢性脱髄疾患のラットにおいて、甲状腺ホルモンを投与するとミエリンの置換量が増加することを発見し、ミエリン産生細胞となる前駆細胞の正常な発達に甲状腺ホルモンが必要であることを示唆しました。
1型糖尿病
1型糖尿病の子供や青年は、MSを発症するリスクが高い可能性があります。これは、この2つの疾患には共通の遺伝的リスク要因があるためですが、日光浴の少なさやビタミンD濃度の低さなどの環境要因もこのリスクを高める可能性があります。
過敏性腸疾患
過敏性腸疾患（IBD）は、消化管の慢性的な炎症を特徴とする疾患です。 腸管の慢性的な炎症を特徴とし、通常は「リーキーガット」と呼ばれる腸管粘膜の破壊を引き起こします。” このような腸管粘膜の崩壊は、腸管抗原が宿主免疫反応を異常に活性化し、全身性の自己免疫反応を引き起こす可能性があります。
最近の研究では、MSと炎症性腸疾患（IBD）の関連性が示唆されており、MS患者に最も多いタイプのIBDであるクローン病（CD）と潰瘍性大腸炎（UC）の発症率が高くなっています。
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過敏性腸症候群
過敏性腸症候群（IBS）も、一般の人と比較すると、MSの人に予想以上に多く発生します。 IBSは自己免疫疾患ではなく、消化器系の機能障害と考えられているが、IBS患者は、慢性的だが強度の低い免疫系の活性化と一致する免疫学的変化を報告している。
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