In 1808 begonnen de Amerikaanse koloniën van Spanje een voor een te vechten voor onafhankelijkheid. Nog voordat deze geest zich naar Mexico verspreidde, ondervond Californië de gevolgen van de opstanden, want de zwaar onder druk staande Spaanse marine kon geen schepen missen om voorraden naar de missies, presidios en pueblo’s ten noorden van San Diego te brengen. In de daaropvolgende twaalf jaar versoepelden de plaatselijke autoriteiten de beperkingen op de handel met niet-Spaanse kooplieden, zodat de kolonie kon overleven, en de Californiërs raakten gewend aan contacten met zeelieden, handelaren, jagers en pelsjagers uit Engeland, Frankrijk, Rusland en natuurlijk de Verenigde Staten.
In 1821 werd Mexico onafhankelijk, en het jaar daarop werd Alta California hiervan op de hoogte gebracht. Het koloniale beleid van de republiek zou heel anders zijn dan dat van de Spaanse monarchie. Niet alleen mochten de Californiërs handel drijven met buitenlanders, maar buitenlanders mochten nu ook land bezitten in de provincie zodra ze genaturaliseerd waren en zich bekeerden tot het katholicisme. Onder het Spaanse bewind werd slechts een klein aantal stukken land aan individuen toegekend, en het eigendomsrecht op deze gronden bleef in handen van de kroon. Onder Mexicaans bewind werden de gouverneurs echter aangemoedigd om meer subsidies te verlenen aan individuele ranchos, en deze subsidies moesten onvoorwaardelijk zijn. Het belangrijkste was dat de nieuwe Mexicaanse republiek vastbesloten was om de missies te “seculariseren”, om de inboorlingen en de missie-eigendommen aan de controle van de franciscaanse missionarissen te onttrekken.
Dit proces begon in Californië in 1834. In theorie hadden de franciscanen de missielanden beheerd in vertrouwen voor de inheemsen die er woonden toen de missionarissen arriveerden, maar weinig inheemse Amerikanen profiteerden van het einde van het missiesysteem: hoewel elke familie een kleine toewijzing van de voormalige missielanden zou ontvangen, gaven de weinigen die probeerden van deze percelen te leven het na een paar jaar op. De meeste adobe kerken en bijgebouwen van de missies raakten spoedig in verval, hoewel de priesters van sommige missies moeite hadden om hun dienst aan de missie-indianen voort te zetten. De meeste landerijen van de missies werden in grote schenkingen verkocht aan blanke Californiërs of aan pas aangekomen immigranten met goede connecties uit Mexico. In de tien jaar voordat de missies werden ontmanteld, had de Mexicaanse regering slechts 50 subsidies voor grote ranchos uitgegeven.
Er ontstond nu een nieuwe cultuur in Californië: het legendarische leven van de ranchero en zijn familie in een maatschappij waar veeteelt en de afzet van rundvlees en huiden de centrale factoren van het economische leven werden. Met het einde van de missies, stopten de meeste lokale pogingen tot productie. De Californische veeboeren, wier land meestal dicht bij de kust van Zuid-Californië lag, werden steeds afhankelijker van de goederen die de buitenlandse kooplieden meebrachten, die op zoek waren naar huiden. Toen Britse, Canadese en Amerikaanse kolonisten naar Oregon trokken, was het ook onvermijdelijk dat niet-Mexicanen over die grens in Noord-Californië binnendrongen. En steeds meer pelsjagers en gedurfde “bergmannen” volgden hun smaak voor avontuur en hun zoektocht naar pelzen in Noord-Californië en over de Sierras verder naar het zuiden.
Vóór 1824 waren er een paar permanente bewoners van niet-Spaanse geboorte of afkomst, maar hun aantal nam gestaag toe in de Mexicaanse tijd. De eerste burgers van de Verenigde Staten die over land naar Californië kwamen, waren pelsjagers onder leiding van Jedediah Smith in 1826. De eerste georganiseerde groep kolonisten uit de Verenigde Staten die de vlakten overstaken naar Californië was de groep onder leiding van John Bidwell en John Bartleson in 1841. Eenmaal in Californië ging Bidwell werken voor Johann August Sutter (1803-1880), de belangrijkste van de buitenlandse immigranten in Mexicaans Californië. Sutter, een in Duitsland geboren Zwitserse zakenman, kwam in 1839 in San Francisco aan en verwierf een enorme subsidie van 48.000 acres bij de samenvloeiing van de Sacramento en de American Rivers, waar hij “New Helvetia” stichtte, een nederzetting met een fort, boomgaarden, wijngaarden en graanvelden. Sutters fort werd al snel een tussenstop voor de Amerikaanse kolonisten die de Bidwell-groep door de Sierras volgden, waaronder overlevenden van de noodlottige Donner Party van 1846. Naast deze kolonisten, pelsjagers en jagers waren er ook zeelieden die van boord waren gesprongen.
Mexico had altijd moeite om haar verre provincie te besturen. De laatste gouverneur die vanuit Mexico-Stad naar Californië werd gestuurd was Manuel Micheltorena, die in 1842 kwam. Zijn komst leidde tot een lokale opstand, en hij trok zich in 1845 terug. Pío Pico, een lokale ranchero van deels Afrikaanse afkomst, werd gouverneur. Officieus was Californië nu zelfbestuur geworden. Een jaar later stond Mexico voor een nog grotere uitdaging. De inheemse bevolking van Californië was nu gereduceerd tot minder dan 100.000 en er woonden nog zo’n 14.000 andere permanente bewoners. Daarvan waren ongeveer 2.500 “buitenlanders”, blanken van niet-ispanic afkomst, en van hen waren er waarschijnlijk 2.000 uit de Verenigde Staten geëmigreerd sinds 1840.