W 1808 roku amerykańskie kolonie Hiszpanii, jedna po drugiej, zaczęły walczyć o niepodległość. Jeszcze zanim ten duch rozprzestrzenił się na Meksyk, Kalifornia odczuła skutki rebelii, ponieważ hiszpańska marynarka wojenna nie mogła wydzielić statków, które dostarczałyby zaopatrzenie do misji, presidios i pueblos na północ od San Diego. Tak więc w ciągu kilkunastu lat, które nastąpiły, lokalne władze złagodziły ograniczenia w handlu z nie-hiszpańskimi kupcami, aby kolonia mogła przetrwać, a Kalifornijczycy przyzwyczaili się do kontaktu z marynarzami, handlowcami, myśliwymi i traperami z Anglii, Francji, Rosji i oczywiście Stanów Zjednoczonych.
W 1821 roku Meksyk osiągnął niepodległość, a wieść o tym wydarzeniu dotarła do Alta California w następnym roku. Polityka kolonialna republiki miała być zupełnie inna niż ta, którą prowadziła hiszpańska monarchia. Kalifornijczycy mogli nie tylko handlować z obcokrajowcami, ale także posiadać ziemię w prowincji po naturalizacji i przejściu na katolicyzm. Pod rządami Hiszpanii nadania ziemi dla osób prywatnych były nieliczne, a tytuł własności do tych ziem pozostawał w rękach korony. Pod rządami meksykańskimi jednak gubernatorzy byli zachęcani do przyznawania większej liczby dotacji dla indywidualnych ranchos, a dotacje te miały być bezwarunkowe. Co najważniejsze, nowa republika meksykańska była zdecydowana na „sekularyzację” misji, aby usunąć tubylców i własność misji spod kontroli franciszkańskich misjonarzy.
Proces ten rozpoczął się w Kalifornii w 1834 roku. W teorii franciszkanie zarządzali ziemiami misyjnymi w zaufaniu do tubylców mieszkających tam w momencie przybycia misjonarzy, ale niewielu rdzennych Amerykanów skorzystało z końca systemu misyjnego: chociaż każda rodzina miała otrzymać niewielki przydział z byłych ziem misyjnych, nieliczni, którzy próbowali utrzymać się z tych działek, poddali się po kilku latach. Większość kościołów adobe i budynków gospodarczych misji szybko popadła w ruinę, chociaż księża w niektórych misjach z trudem kontynuowali swoją posługę wśród Indian misyjnych. Większość ziem należących do misji została rozdysponowana w dużych dotacjach dla białych Kalifornijczyków lub niedawno przybyłych, dobrze sytuowanych imigrantów z Meksyku. W ciągu dziesięciu lat przed likwidacją misji, rząd meksykański wydał tylko 50 dotacji dla dużych ranchos. W ciągu kilkunastu lat po sekularyzacji misji przyznano 600 nowych dotacji.
W Kalifornii narodziła się nowa kultura: legendarne życie ranczera i jego rodziny w społeczeństwie, w którym hodowla bydła i sprzedaż wołowiny oraz skór stały się głównymi czynnikami życia gospodarczego. Wraz z końcem misji ustała większość lokalnych prób produkcji. Kalifornijscy ranczerzy, których ziemie znajdowały się na ogół w pobliżu południowego wybrzeża Kalifornii, stawali się coraz bardziej zależni od towarów przywożonych przez zagranicznych kupców, którzy przybywali w poszukiwaniu skór. W miarę jak brytyjscy, kanadyjscy i amerykańscy osadnicy przenosili się do Oregonu, nieuchronne stawało się również wkraczanie nie-Meksykanów z północnej Kalifornii przez tę granicę. Coraz więcej traperów i odważnych „ludzi gór” podążało za swoim pragnieniem przygody i poszukiwaniem futer do północnej Kalifornii i przez Sierry dalej na południe.
Przed 1824 rokiem było kilku stałych mieszkańców o niehiszpańskim pochodzeniu, ale ich liczba stale rosła w czasach meksykańskich. Pierwszymi obywatelami Stanów Zjednoczonych, którzy przybyli lądem do Kalifornii byli traperzy pod wodzą Jedediah Smitha w 1826 roku. Pierwszą zorganizowaną grupą osadników ze Stanów Zjednoczonych, którzy przeszli przez Równiny do Kalifornii, była grupa prowadzona przez Johna Bidwella i Johna Bartlesona w 1841 roku. Po przybyciu do Kalifornii, Bidwell poszedł do pracy dla Johanna Augusta Suttera (1803-1880), najważniejszego z zagranicznych imigrantów w meksykańskiej Kalifornii. Sutter, urodzony w Niemczech szwajcarski biznesmen, przybył do San Francisco w 1839 roku i otrzymał ogromną dotację w wysokości 48 000 akrów u zbiegu rzek Sacramento i American, gdzie założył „Nową Helwecję”, osadę z fortem, sadami, winnicami i polami pszenicy. Fort Suttera wkrótce stał się przystankiem dla amerykańskich osadników, którzy podążali za grupą Bidwella przez Sierry, w tym ocalałych z nieszczęsnej grupy Donnera z 1846 roku. Oprócz osadników, traperów i myśliwych byli tam również marynarze, którzy przeskoczyli na statek.
Meksyk zawsze miał problemy z rządzeniem swoją odległą prowincją. Ostatnim gubernatorem wysłanym do Kalifornii z Mexico City był Manuel Micheltorena, który przybył w 1842 roku. Jego pojawienie się wywołało lokalną rewoltę, z której wycofał się w 1845 roku. Gubernatorem został Pío Pico, miejscowy ranchero o częściowo afrykańskim pochodzeniu. Nieoficjalnie Kalifornia uzyskała rządy wewnętrzne. Rok później Meksyk stanął przed jeszcze większym wyzwaniem. W tym czasie Kalifornia była domem dla rdzennej ludności, której liczba zmniejszyła się do mniej niż 100 000, oraz dla około 14 000 innych stałych mieszkańców. Spośród nich około 2500 było „obcokrajowcami”, białymi o pochodzeniu niehiszpańskim, a z nich prawdopodobnie 2000 wyemigrowało ze Stanów Zjednoczonych od 1840 roku.