Volgens de traditie stichtte de zonnegodin Amaterasu Japan in de 7e eeuw v.Chr. en was zij een voorouder van de eerste keizer van Japan, Jimmu. Tot op de dag van vandaag staat de keizer bekend als de “Zoon van de Zon”, en een populaire naam voor het land is “Land van de Rijzende Zon”. Het eerste concrete bewijs dat getuigt van het gebruik van een zonnevlag voor Japan dateert van 1184, maar er zijn mondelinge overleveringen die eeuwen eerder teruggaan.
De huidige vorm van de vlag werd officieel aangenomen op 5 augustus 1854, toen Japan zich begon open te stellen voor handel en diplomatieke betrekkingen met Europese landen. Het gebruik van de vlag op het land werd slechts langzaam door de bevolking aanvaard; het belangrijkste gebruik van de vlag in de begindagen was het vertegenwoordigen van schepen en de diplomatieke dienst van Japan in het buitenland. (Marineschepen kregen een speciale versie, met een kleinere, uit het midden geplaatste zon waarvan de stralen zich prominent uitstrekten tot de randen van de vlag). De specificaties voor de vlag werden in 1870 uitgevaardigd.
Omdat de Japanners een diep filosofische benadering van grafische ontwerpen van allerlei aard hebben, waarderen zij hun nationale vlag om zijn eenvoud, opvallende contrasten en passende symboliek. Het “hete” rood van het zonnesymbool contrasteert met de “koele” witte achtergrond, en de cirkel van de zon contrasteert met de rechthoek van de vlag zelf. De mast waaraan de vlag officieel wordt gehesen is van ruw, natuurlijk bamboe, terwijl de top bestaat uit een glanzend gouden bol. Om de uit de 19e eeuw daterende vlaggenwetten te regulariseren, heeft de Diet (het Japanse parlement) de nationale vlag op 13 augustus 1999 officieel goedgekeurd. Tegelijkertijd werd de nationale hymne (“Kimigayo”) officieel erkend. De actie van de Diet was controversieel en werd in Japan gesteund door conservatieven, maar afgekeurd door pacifisten, die aanvoerden dat de symbolen op ongepaste wijze herinnerden aan het militaristische verleden van Japan en zijn betrokkenheid bij de Tweede Wereldoorlog.