Według tradycji bogini słońca Amaterasu założyła Japonię w VII w. p.n.e. i była przodkiem pierwszego z cesarzy, Jimmu. Do dziś cesarz jest znany jako „Syn Słońca”, a popularna nazwa kraju to „Kraj Wschodzącego Słońca”. Pierwsze konkretne dowody świadczące o użyciu flagi słonecznej dla Japonii pochodzą z 1184 roku, ale istnieją ustne tradycje sięgające wieków wcześniej.
Obecna forma flagi została oficjalnie przyjęta 5 sierpnia 1854 roku, kiedy Japonia zaczynała otwierać się na handel i stosunki dyplomatyczne z krajami europejskimi. Jej użycie na lądzie było powoli akceptowane przez ogół społeczeństwa; głównym zastosowaniem flagi w początkowym okresie jej istnienia było reprezentowanie statków i służby dyplomatycznej Japonii za granicą. (Okręty wojenne otrzymały specjalną wersję z mniejszym, niecentrycznym słońcem, od którego promienie rozciągały się aż do krawędzi flagi). Specyfikacja flagi została wydana w 1870 roku.
Ponieważ Japończycy mają głęboko filozoficzne podejście do wszelkiego rodzaju projektów graficznych, cenią swoją flagę narodową za jej prostotę, uderzające kontrasty i odpowiednią symbolikę. Gorąca” czerwień symbolu słońca kontrastuje z „chłodnym” białym tłem, a okrąg słońca kontrastuje z prostokątem samej flagi. Maszt, na którym ma być oficjalnie wciągnięta, to szorstki naturalny bambus, a zwieńczenie na szczycie to błyszcząca złota kula. Aby uregulować prawa dotyczące flagi pochodzące z XIX wieku, Diet (japoński parlament) formalnie przyjął flagę narodową 13 sierpnia 1999 roku. Hymn narodowy („Kimigayo”) został oficjalnie uznany w tym samym czasie. Działanie Sejmu było kontrowersyjne, popierane w Japonii przez konserwatystów, ale potępiane przez pacyfistów, którzy twierdzili, że symbole niewłaściwie przypominają o militarystycznej przeszłości Japonii i jej zaangażowaniu w II wojnę światową.