Nach der Überlieferung gründete die Sonnengöttin Amaterasu Japan im 7. Jahrhundert v. Chr. und war eine Vorfahrin des ersten Kaisers Jimmu. Noch heute ist der Kaiser als „Sohn der Sonne“ bekannt, und ein beliebter Name für das Land ist „Land der aufgehenden Sonne“. Der erste konkrete Beleg für die Verwendung einer Sonnenflagge für Japan stammt aus dem Jahr 1184, aber es gibt mündliche Überlieferungen, die Jahrhunderte früher zurückreichen.
Die aktuelle Form der Flagge wurde offiziell am 5. August 1854 angenommen, als Japan begann, sich für den Handel und diplomatische Beziehungen mit europäischen Ländern zu öffnen. Ihre Verwendung an Land wurde von der Bevölkerung nur langsam akzeptiert; die Hauptverwendung der Flagge war in der Anfangszeit die Darstellung von Schiffen und des diplomatischen Dienstes Japans im Ausland. (Marineschiffen wurde eine spezielle Version zugestanden, mit einer kleineren, dezentrierten Sonne, deren Strahlen sich prominent bis zu den Rändern der Flagge erstreckten.) Die Spezifikationen für die Flagge wurden 1870 herausgegeben.
Da die Japaner eine tiefe philosophische Einstellung zu grafischen Entwürfen aller Art haben, schätzen sie ihre Nationalflagge wegen ihrer Einfachheit, der auffälligen Kontraste und der passenden Symbolik. Das „heiße“ Rot des Sonnensymbols steht im Kontrast zu seinem „kühlen“ weißen Hintergrund, und der Kreis der Sonne kontrastiert mit dem Rechteck der Flagge selbst. Der Mast, an dem sie offiziell gehisst werden soll, ist aus rauem, natürlichem Bambus, während das Endstück an der Spitze eine goldglänzende Kugel ist. Um die aus dem 19. Jahrhundert stammenden Flaggengesetze zu regulieren, hat das Diet (japanisches Parlament) die Nationalflagge am 13. August 1999 formell angenommen. Die Nationalhymne („Kimigayo“) wurde zur gleichen Zeit offiziell anerkannt. Die Maßnahme des Parlaments war umstritten. Sie wurde in Japan von Konservativen unterstützt, aber von Pazifisten angeprangert, die argumentierten, dass die Symbole in unangemessener Weise an Japans militaristische Vergangenheit und seine Beteiligung am Zweiten Weltkrieg erinnern.