En 1808, les colonies américaines de l’Espagne, une par une, ont commencé à lutter pour leur indépendance. Avant même que cet esprit ne s’étende au Mexique, la Californie ressent les effets de ces rébellions, car la marine espagnole, durement éprouvée, ne peut disposer de navires pour ravitailler les missions, les presidios et les pueblos au nord de San Diego. Ainsi, dans la douzaine d’années qui suivit, les autorités locales assouplirent les restrictions sur le commerce avec les marchands non espagnols afin que la colonie puisse survivre, et les Californiens s’habituèrent aux contacts avec les marins, les commerçants, les chasseurs et les trappeurs d’Angleterre, de France, de Russie et, bien sûr, des États-Unis.
En 1821, le Mexique obtint son indépendance, et la nouvelle de cet événement atteignit l’Alta California l’année suivante. Les politiques coloniales de la république allaient être très différentes de celles de la monarchie espagnole. Non seulement les Californiens sont autorisés à commercer avec les étrangers, mais ces derniers peuvent désormais posséder des terres dans la province après avoir été naturalisés et convertis au catholicisme. Sous le régime espagnol, les concessions de terres aux particuliers étaient peu nombreuses, et le titre de propriété de ces terres restait entre les mains de la couronne. Sous le régime mexicain, cependant, les gouverneurs ont été encouragés à accorder davantage de concessions aux ranchos individuels, et ces concessions devaient être totales. Plus important encore, la nouvelle république mexicaine était déterminée à passer à la « sécularisation » des missions, à soustraire les indigènes et les biens de la mission au contrôle des missionnaires franciscains.
Ce processus a commencé en Californie en 1834. En théorie, les franciscains avaient administré les terres de mission en fiducie pour les autochtones qui y vivaient à l’arrivée des missionnaires, mais peu d’Amérindiens ont bénéficié de la fin du système des missions : bien que chaque famille devait recevoir une petite allocation des anciennes terres de mission, les rares qui ont essayé de vivre de ces parcelles ont abandonné après quelques années. La plupart des églises en adobe et des dépendances des missions sont rapidement tombées en ruine, bien que les prêtres de certaines missions se soient efforcés de poursuivre leur ministère auprès des Indiens de la mission. La plupart des terres des missions ont été cédées sous forme de grandes concessions à des Californiens blancs ou à des immigrants mexicains récemment arrivés et disposant de bonnes relations. Au cours des dix années précédant le démantèlement des missions, le gouvernement mexicain n’avait accordé que 50 concessions pour de grands ranchos. Dans la douzaine d’années qui ont suivi la sécularisation des missions, 600 nouvelles concessions ont été accordées.
Une nouvelle culture a désormais germé en Californie : la vie légendaire du ranchero et de sa famille dans une société où l’élevage et la commercialisation du bœuf et des peaux sont devenus les facteurs centraux de la vie économique. Avec la fin des missions, la plupart des tentatives locales de fabrication ont cessé. Les ranchers californiens, dont les terres sont généralement proches de la côte sud de la Californie, deviennent de plus en plus dépendants des marchandises apportées par les marchands étrangers venus chercher des peaux. À mesure que les colons britanniques, canadiens et américains s’installaient en Oregon, il y avait aussi un empiètement inévitable des non-Mexicains du nord de la Californie de l’autre côté de cette frontière. Et de plus en plus de trappeurs et d’audacieux « montagnards » suivirent leur goût de l’aventure et leur recherche de fourrures dans le nord de la Californie et à travers les Sierras plus au sud.
Il y avait quelques résidents permanents de naissance ou d’ascendance non hispanique avant 1824, mais leur nombre augmenta régulièrement à l’époque mexicaine. Les premiers citoyens américains à venir par voie terrestre en Californie étaient des trappeurs dirigés par Jedediah Smith en 1826. Le premier groupe organisé de colons américains qui traversa les plaines pour se rendre en Californie fut le groupe dirigé par John Bidwell et John Bartleson en 1841. Une fois en Californie, Bidwell est allé travailler pour Johann August Sutter (1803-1880), le plus important des immigrants étrangers en Californie mexicaine. Homme d’affaires suisse d’origine allemande, Sutter arrive à San Francisco en 1839 et obtient une énorme concession de 48 000 acres à la jonction des fleuves Sacramento et American, où il établit « New Helvetia », une colonie avec un fort, des vergers, des vignobles et des champs de blé. Le fort de Sutter devint rapidement une halte pour les colons américains qui suivirent le groupe de Bidwell à travers les Sierras, y compris les survivants du groupe Donner de 1846. Outre ces colons, trappeurs et chasseurs, il y avait aussi des marins qui avaient sauté du bateau.
Le Mexique a toujours eu du mal à gouverner sa lointaine province. Le dernier gouverneur envoyé en Californie depuis Mexico fut Manuel Micheltorena, arrivé en 1842. Son apparition déclencha une révolte locale, et il se retira en 1845. Pío Pico, un ranchero local en partie d’origine africaine, devient gouverneur. Officieusement, la Californie avait obtenu l’autonomie. Un an plus tard, le Mexique est confronté à un défi encore plus grand. La Californie compte alors une population autochtone réduite à moins de 100 000 personnes et quelque 14 000 autres résidents permanents. Parmi eux, peut-être 2 500 étaient des » étrangers « , des Blancs d’origine non hispanique, et parmi eux, probablement 2 000 avaient immigré des États-Unis depuis 1840.