Selon la tradition, la déesse du soleil Amaterasu a fondé le Japon au 7e siècle avant Jésus-Christ et était un ancêtre du premier de ses empereurs, Jimmu. Aujourd’hui encore, l’empereur est connu sous le nom de « fils du soleil », et un nom populaire pour le pays est « pays du soleil levant ». La première preuve concrète qui témoigne de l’utilisation d’un drapeau solaire pour le Japon date de 1184, mais il existe des traditions orales remontant à des siècles plus tôt.
La forme actuelle du drapeau a été officiellement adoptée le 5 août 1854, alors que le Japon commençait à s’ouvrir au commerce et aux relations diplomatiques avec les pays européens. Son utilisation sur terre n’a été que lentement acceptée par la population générale ; la principale utilisation du drapeau à ses débuts était de représenter les navires et le service diplomatique du Japon à l’étranger. (Les navires de guerre bénéficiaient d’une version spéciale, avec un soleil plus petit et décentré dont les rayons s’étendaient de manière proéminente jusqu’aux bords du drapeau). Les spécifications du drapeau ont été publiées en 1870.
Parce que les Japonais ont une approche philosophique profonde des conceptions graphiques de toutes sortes, ils apprécient leur drapeau national pour sa simplicité, ses contrastes frappants et son symbolisme approprié. Le rouge « chaud » du symbole du soleil contraste avec son fond blanc « froid », et le cercle du soleil contraste avec le rectangle du drapeau lui-même. Le mât sur lequel il doit être officiellement hissé est en bambou naturel brut, tandis que l’embout au sommet est une boule d’or brillante. Pour régulariser les lois sur le drapeau datant du XIXe siècle, la Diète (parlement japonais) a officiellement adopté le drapeau national le 13 août 1999. L’hymne national (« Kimigayo ») a été officiellement reconnu en même temps. L’action de la Diète a été controversée, soutenue au Japon par les conservateurs mais dénoncée par les pacifistes, qui ont fait valoir que les symboles rappelaient de manière inappropriée le passé militariste du Japon et son implication dans la Seconde Guerre mondiale.