Nel 1808, le colonie americane della Spagna, una dopo l’altra, iniziarono a combattere per l’indipendenza. Anche prima che questo spirito si diffondesse in Messico, la California sentì gli effetti delle ribellioni, perché la marina spagnola, sottoposta a forti pressioni, non poteva disporre di navi per portare rifornimenti alle missioni, ai presidios e ai pueblos a nord di San Diego. Così, nella dozzina di anni che seguirono, le autorità locali allentarono le restrizioni sul commercio con i mercanti non spagnoli in modo che la colonia potesse sopravvivere, e i californiani si abituarono al contatto con marinai, commercianti, cacciatori e trapper dall’Inghilterra, Francia, Russia e, naturalmente, gli Stati Uniti.
Nel 1821, il Messico ottenne la sua indipendenza, e la notizia di questo evento raggiunse l’Alta California l’anno successivo. Le politiche coloniali della repubblica dovevano essere molto diverse da quelle della monarchia spagnola. Non solo i californiani erano autorizzati a commerciare con gli stranieri, ma gli stranieri potevano anche possedere terre nella provincia una volta che erano stati naturalizzati e convertiti al cattolicesimo. Sotto la Spagna, le concessioni di terra agli individui erano poche, e il titolo di queste terre rimaneva nelle mani della corona. Sotto il governo messicano, tuttavia, i governatori furono incoraggiati a fare più concessioni per ranchos individuali, e queste concessioni dovevano essere a titolo definitivo. La cosa più importante è che la nuova repubblica messicana era determinata a “secolarizzare” le missioni, a rimuovere i nativi e le proprietà della missione dal controllo dei missionari francescani. In teoria, i francescani avevano amministrato le terre delle missioni in fiducia per i nativi che vivevano lì quando i missionari arrivarono, ma pochi nativi americani beneficiarono della fine del sistema delle missioni: anche se ogni famiglia doveva ricevere un piccolo lotto dalle terre della missione, i pochi che cercarono di guadagnarsi da vivere con questi appezzamenti rinunciarono dopo pochi anni. La maggior parte delle chiese di adobe e degli edifici annessi delle missioni caddero presto in rovina, anche se i sacerdoti di alcune missioni lottarono per continuare il loro ministero con gli indiani della missione. La maggior parte delle terre delle missioni furono cedute in grandi concessioni a californiani bianchi o a immigrati messicani di recente arrivo e con buone conoscenze. Nei dieci anni prima che le missioni fossero smantellate, il governo messicano aveva rilasciato solo 50 concessioni per grandi ranchos. Nella dozzina di anni dopo che le missioni furono secolarizzate, furono fatte 600 nuove concessioni.
Una nuova cultura sorse ora in California: la leggendaria vita del ranchero e della sua famiglia in una società dove l’allevamento del bestiame e la commercializzazione della carne e delle pelli diventarono i fattori centrali della vita economica. Con la fine delle missioni, la maggior parte dei tentativi locali di produzione cessarono. Gli allevatori californiani, le loro terre generalmente vicine alla costa della California meridionale, divennero sempre più dipendenti dalle merci portate dai mercanti stranieri che venivano in cerca di pelli. Mentre i coloni inglesi, canadesi e statunitensi si spostavano in Oregon, c’era anche un inevitabile invasione di non-messicani nel nord della California attraverso quel confine. E sempre più trapper e audaci “uomini di montagna” seguirono il loro gusto per l’avventura e la loro ricerca di pellicce nella California settentrionale e attraverso la Sierra più a sud.
C’erano pochi residenti permanenti di nascita o discendenza non ispanica prima del 1824, ma il loro numero aumentò costantemente in epoca messicana. I primi cittadini statunitensi ad arrivare via terra in California furono i trapper guidati da Jedediah Smith nel 1826. Il primo gruppo organizzato di coloni degli Stati Uniti che attraversò le pianure fino alla California fu il gruppo guidato da John Bidwell e John Bartleson nel 1841. Una volta in California, Bidwell andò a lavorare per Johann August Sutter (1803-1880), il più importante degli immigrati stranieri nella California messicana. Un uomo d’affari svizzero di origine tedesca, Sutter arrivò a San Francisco nel 1839 e ottenne un’enorme concessione di 48.000 acri alla confluenza dei fiumi Sacramento e America, dove stabilì “New Helvetia”, un insediamento con un forte, frutteti, vigneti e campi di grano. Il forte di Sutter divenne presto uno scalo per i coloni americani che seguirono il gruppo Bidwell attraverso la Sierra, compresi i sopravvissuti dello sfortunato Donner Party del 1846. Oltre a questi coloni, trapper e cacciatori c’erano anche marinai che avevano abbandonato la nave.
Il Messico ha sempre avuto problemi a governare la sua lontana provincia. L’ultimo governatore inviato in California da Città del Messico fu Manuel Micheltorena che arrivò nel 1842. La sua apparizione scatenò una rivolta locale, ed egli si ritirò nel 1845. Pío Pico, un ranchero locale di origini parzialmente africane, divenne governatore. Ufficiosamente, la California aveva ottenuto il governo locale. Un anno dopo, il Messico affrontò una sfida ancora più grande. A quel punto la California ospitava una popolazione nativa ormai ridotta a meno di 100.000 persone e circa 14.000 altri residenti permanenti. Di questi, forse 2.500 erano “stranieri”, bianchi di origine non ispanica, e di questi, probabilmente 2.000 erano immigrati dagli Stati Uniti dal 1840.