Según la tradición, la diosa del sol Amaterasu fundó Japón en el siglo VII a.C. y fue un antecesor del primero de sus emperadores, Jimmu. Aún hoy se conoce al emperador como el «Hijo del Sol», y un nombre popular del país es «Tierra del Sol Naciente». La primera evidencia concreta que atestigua el uso de una bandera del sol para Japón data de 1184, pero hay tradiciones orales que se remontan a siglos antes.
La forma actual de la bandera fue adoptada oficialmente el 5 de agosto de 1854, cuando Japón comenzaba a abrirse al comercio y a las relaciones diplomáticas con los países europeos. Su uso en tierra fue aceptado lentamente por la población en general; el uso principal de la bandera en sus primeros días era representar a los barcos y al servicio diplomático de Japón en el extranjero. (A los buques navales se les concedió una versión especial, con un sol más pequeño y descentrado del que salían rayos que se extendían de forma prominente hacia los bordes de la bandera). Las especificaciones para la bandera se publicaron en 1870.
Debido a que los japoneses tienen un profundo enfoque filosófico de los diseños gráficos de todo tipo, valoran su bandera nacional por su simplicidad, sus llamativos contrastes y su adecuado simbolismo. El rojo «caliente» del símbolo del sol contrasta con su fondo blanco «frío», y el círculo del sol contrasta con el rectángulo de la propia bandera. El mástil en el que se izará oficialmente es de bambú natural rugoso, mientras que el remate en la parte superior es una brillante bola de oro. Para regularizar las leyes sobre banderas que datan del siglo XIX, la Dieta (parlamento japonés) adoptó formalmente la bandera nacional el 13 de agosto de 1999. El himno nacional («Kimigayo») fue reconocido oficialmente al mismo tiempo. La medida de la Dieta fue controvertida, apoyada en Japón por los conservadores pero denunciada por los pacifistas, que argumentaban que los símbolos recordaban de forma inapropiada el pasado militarista de Japón y su participación en la Segunda Guerra Mundial.