Segundo a tradição, a deusa do sol Amaterasu fundou o Japão no século VII bc e foi um antepassado do primeiro dos seus imperadores, Jimmu. Ainda hoje o imperador é conhecido como o “Filho do Sol”, e um nome popular para o país é “Terra do Sol Nascente”. As primeiras provas concretas que atestam a utilização de uma bandeira do Sol para o Japão datam de 1184, mas existem tradições orais que remontam a séculos antes.
A forma actual da bandeira foi oficialmente adoptada a 5 de Agosto de 1854, quando o Japão começava a abrir-se ao comércio e às relações diplomáticas com os países europeus. A sua utilização em terra só lentamente foi aceite pela população em geral; a principal utilização da bandeira nos seus primórdios era representar navios e o serviço diplomático do Japão no estrangeiro. (Os navios navais recebiam uma versão especial, com um sol menor, fora do centro, a partir do qual os raios se estendiam de forma proeminente até às bordas da bandeira). As especificações para a bandeira foram emitidas em 1870.
Porque os japoneses têm uma profunda abordagem filosófica aos desenhos gráficos de todos os tipos, valorizam a sua bandeira nacional pela sua simplicidade, contrastes marcantes, e simbolismo apropriado. O vermelho “quente” do símbolo do sol contrasta com o seu fundo branco “frio”, e o círculo do sol contrasta com o próprio rectângulo da bandeira. O mastro sobre o qual deve ser içado oficialmente é bambu natural rugoso, enquanto que o finial no topo é uma bola dourada brilhante. Para regularizar as leis da bandeira que datam do século XIX, a Dieta (Parlamento japonês) adoptou formalmente a bandeira nacional a 13 de Agosto de 1999. O hino nacional (“Kimigayo”) foi reconhecido oficialmente ao mesmo tempo. A acção da Dieta foi controversa, apoiada no Japão por conservadores mas denunciada por pacifistas, que argumentaram que os símbolos recordavam inadequadamente o passado militarista do Japão e o seu envolvimento na Segunda Guerra Mundial.