Orthografieën die gebruik maken van alfabetten en syllabarieën zijn gebaseerd op het principe dat de geschreven symbolen (graphemen) overeenkomen met klankeenheden van de gesproken taal: fonemen in het eerste geval, en lettergrepen in het tweede. In vrijwel alle gevallen is deze overeenstemming echter niet exact. De orthografie van de verschillende talen vertoont een verschillende mate van overeenstemming tussen spelling en uitspraak. De Engelse orthografie, de Franse orthografie en de Deense orthografie, bijvoorbeeld, zijn zeer onregelmatig, terwijl de orthografieën van talen als het Russisch, het Duits en het Spaans de uitspraak veel getrouwer weergeven, hoewel de overeenkomst tussen letters en fonemen nog steeds niet exact is. Finse, Turkse en Servo-Kroatische orthografieën zijn opmerkelijk consistent: een benadering van het principe “één letter per klank”.
Een orthografie waarin de overeenkomsten tussen spelling en uitspraak zeer complex of inconsistent zijn, wordt een diepe orthografie genoemd (of minder formeel: de taal zou een onregelmatige spelling hebben). Een orthografie met relatief eenvoudige en consistente overeenkomsten wordt oppervlakkig genoemd (en de taal heeft een regelmatige spelling).
Een van de belangrijkste redenen waarom spelling en uitspraak van elkaar afwijken, is dat klankveranderingen in de gesproken taal niet altijd in de orthografie worden weerspiegeld, en de spelling dus eerder overeenkomt met de historische dan met de huidige uitspraak. Een gevolg hiervan is dat veel spellingen de morfofonische structuur van een woord weerspiegelen in plaats van de zuiver fonemische structuur (bijvoorbeeld, het Engelse regelmatige verleden tijd morfeem wordt consequent gespeld als -ed ondanks de verschillende uitspraak ervan in verschillende woorden). Dit wordt verder besproken in Fonemische orthografie § Morfofonemische kenmerken.
De syllabische systemen van het Japans (hiragana en katakana) zijn voorbeelden van bijna perfect ondiepe orthografieën – de kana komen met bijna perfecte consistentie overeen met de gesproken syllaben, hoewel er een paar uitzonderingen zijn waar symbolen historische of morfofonische kenmerken weerspiegelen: Met name het gebruik van ぢ ji en づ zu (in plaats van じ ji en ず zu, hun uitspraak in het standaard Tokio-dialect) wanneer het karakter een stemvoering is van een onderliggende ち of つ (zie rendaku), en het gebruik van は, を, en へ om de klanken わ, お, en え weer te geven, als overblijfselen van historisch kana gebruik.
Het Koreaanse hangul-systeem was oorspronkelijk ook een zeer oppervlakkige orthografie, maar als representatie van de moderne taal weerspiegelt het vaak ook morfofonische kenmerken.
Voor een volledige bespreking van de mate van overeenstemming tussen spelling en uitspraak in alfabetische orthografieën, met inbegrip van redenen waarom een dergelijke overeenstemming kan verbreken, zie Fonemische orthografie.
Defecte orthografieën
Een orthografie die gebaseerd is op het principe dat symbolen overeenkomen met fonemen kan in sommige gevallen tekens tekort komen om alle fonemen of alle fonemische onderscheidingen in de taal weer te geven. Dit wordt een gebrekkige orthografie genoemd. Een voorbeeld in het Engels is het ontbreken van enige aanduiding van klemtoon. Een ander voorbeeld is het bigram th, dat twee verschillende fonemen weergeeft (zoals in then en thin) en de oude letters ð en þ verving. Een meer systematisch voorbeeld is dat van abjaden zoals het Arabische en het Hebreeuwse alfabet, waarin de korte klinkers gewoonlijk ongeschreven blijven en door de lezer moeten worden afgeleid.
Wanneer een alfabet uit zijn oorspronkelijke taal wordt geleend voor gebruik in een nieuwe taal – zoals is gebeurd met het Latijnse alfabet voor vele talen, of het Japanse Katakana voor niet-Japanse woorden – blijkt het vaak gebrekkig te zijn in het weergeven van de fonemen van de nieuwe taal. Soms wordt dit probleem opgelost door het gebruik van hulpmiddelen als bigrammen (zoals sh en ch in het Engels, waarbij paren letters staan voor afzonderlijke klanken), diakritische tekens (zoals de caron op de letters š en č, die dezelfde klanken in het Tsjechisch weergeven), of de toevoeging van geheel nieuwe symbolen (zoals sommige talen de letter w aan het Latijnse alfabet hebben toegevoegd) of van symbolen uit een ander alfabet, zoals de rune þ in het IJslands.
Na de klassieke periode ontwikkelde het Grieks een systeem van kleine letters dat diakritische tekens introduceerde om buitenlanders in staat te stellen de uitspraak en in sommige gevallen de grammaticale kenmerken te leren. Naarmate de uitspraak van de letters echter veranderde, werden de diakritische tekens gereduceerd tot de beklemtoonde lettergreep. In het moderne Griekse lettertype is dit systeem vereenvoudigd en is er nog maar één accent om aan te geven welke lettergreep beklemtoond wordt.