En 1808, las colonias americanas de España, una a una, comenzaron a luchar por la independencia. Incluso antes de que este espíritu se extendiera a México, California sintió los efectos de las rebeliones, ya que la difícil armada española no podía disponer de barcos para llevar suministros a las misiones, los presidios y los pueblos del norte de San Diego. Así, en la docena de años que siguieron, las autoridades locales relajaron las restricciones al comercio con mercaderes no españoles para que la colonia pudiera sobrevivir, y los californianos se acostumbraron al contacto con marineros, comerciantes, cazadores y tramperos de Inglaterra, Francia, Rusia y, por supuesto, Estados Unidos.
En 1821, México logró su independencia, y la noticia de este acontecimiento llegó a la Alta California al año siguiente. Las políticas coloniales de la república iban a ser muy diferentes a las de la monarquía española. No sólo se permitía a los californianos comerciar con los extranjeros, sino que éstos podían poseer tierras en la provincia una vez que se habían naturalizado y convertido al catolicismo. En España, las concesiones de tierras a particulares eran escasas y la titularidad de las mismas seguía estando en manos de la corona. Sin embargo, bajo el gobierno mexicano se animó a los gobernadores a hacer más concesiones para ranchos individuales, y estas concesiones debían ser directas. Lo más importante es que la nueva república mexicana estaba decidida a «secularizar» las misiones, a sustraer a los nativos y las propiedades de las misiones del control de los misioneros franciscanos.
Este proceso comenzó en California en 1834. En teoría, los franciscanos habían administrado las tierras de las misiones en fideicomiso para los nativos que vivían allí cuando los misioneros llegaron, pero pocos nativos americanos se beneficiaron del fin del sistema de misiones: aunque cada familia iba a recibir una pequeña asignación de las antiguas tierras de las misiones, los pocos que intentaron ganarse la vida con estas parcelas abandonaron después de pocos años. La mayoría de las iglesias y dependencias de adobe de las misiones pronto cayeron en el abandono, aunque los sacerdotes de algunas misiones se esforzaron por continuar su ministerio con los indios de las misiones. La mayor parte de las tierras de las misiones se enajenaron en grandes concesiones a californianos blancos o a inmigrantes mexicanos recién llegados y con buenos contactos. En los diez años anteriores al desmantelamiento de las misiones, el gobierno mexicano sólo había concedido 50 concesiones para grandes ranchos. En la docena de años que siguieron a la secularización de las misiones, se concedieron 600 nuevas concesiones.
Ahora surgía una nueva cultura en California: la legendaria vida del ranchero y su familia en una sociedad en la que la ganadería y la comercialización de carne y pieles se convirtieron en los factores centrales de la vida económica. Con el fin de las misiones, la mayoría de los intentos locales de fabricación cesaron. Los ganaderos californianos, cuyas tierras se encontraban generalmente cerca de la costa del sur de California, pasaron a depender cada vez más de las mercancías traídas por los comerciantes extranjeros que venían en busca de pieles. A medida que los colonos británicos, canadienses y estadounidenses se trasladaban a Oregón, también se produjo una inevitable invasión de no mexicanos en el norte de California a través de esa frontera. Y cada vez más tramperos y atrevidos «hombres de la montaña» siguieron su gusto por la aventura y su búsqueda de pieles en el norte de California y a través de las Sierras más al sur.
Hubo unos pocos residentes permanentes de nacimiento o ascendencia no hispana antes de 1824, pero su número aumentó constantemente en la época mexicana. Los primeros ciudadanos estadounidenses que llegaron por tierra a California fueron tramperos dirigidos por Jedediah Smith en 1826. El primer grupo organizado de colonos de Estados Unidos que cruzó las llanuras hacia California fue el grupo dirigido por John Bidwell y John Bartleson en 1841. Una vez en California, Bidwell fue a trabajar para Johann August Sutter (1803-1880), el más importante de los inmigrantes extranjeros en la California mexicana. Sutter, un empresario suizo de origen alemán, llegó a San Francisco en 1839 y obtuvo una enorme concesión de 48.000 acres en la confluencia de los ríos Sacramento y Americano, donde estableció «Nueva Helvetia», un asentamiento con un fuerte, huertos, viñedos y campos de trigo. El fuerte de Sutter pronto se convirtió en una parada para los colonos estadounidenses que siguieron al grupo de Bidwell a través de las Sierras, incluidos los supervivientes del malogrado grupo Donner de 1846. Además de estos colonos, tramperos y cazadores también había marineros que habían abandonado el barco.
México siempre tuvo problemas para gobernar su lejana provincia. El último gobernador enviado a California desde Ciudad de México fue Manuel Micheltorena, que llegó en 1842. Su aparición provocó una revuelta local y se retiró en 1845. Pío Pico, un ranchero local de herencia en parte africana, se convirtió en gobernador. Extraoficialmente, California había conseguido el autogobierno. Un año después, México se enfrentó a un reto aún mayor. Para entonces, California contaba con una población nativa reducida a menos de 100.000 personas y unos 14.000 residentes permanentes. De ellos, unos 2.500 eran «extranjeros», blancos de ascendencia no hispana, y de éstos, probablemente 2.000 habían inmigrado desde Estados Unidos desde 1840.